作为北京六十年来到台的最高级别正式代表，海协会长陈云林这趟到访的本身被视为具历史性义意，而陈云林也受到执政党高规格的欢迎与反对党激烈的抗议。
海协会以软调的方式回应这些抗议活动，台湾警方则全力制止抗议民众。在两会强调两岸和解的同时，台湾社会的分裂也正在扩大。
政治软调
对于海协会首度踏上台湾土地进行协商，两会领导人同声表示这是历史性的一步，这样的说法标志出了到访本身的政治意义。虽然按海协会的说法，这次到台不涉及两岸与岛内政治议题协商。
不过对于两岸间的政治话题，海协会还是在记者的提问下作出了一些响应。
针对台湾加入世卫组织一事，海协会副会长郑立中说，了解台湾民众对参与国际活动问题的感受，他相信在双方共同努力创造条件下，通过两岸进行协商，这些问题一定会找到解决的办法。
郑立中这样的回答调性明显放软，北京对此一问题过去一贯的标准回答是：台湾是中国的一部份，没有资格参加以国家为主体的联合国附随组织。
这种刻意软调的一面，在陈云林访台前就已展现，他在出发前在北京找来台湾的记者，说了一段他在福建与一群台湾民众会面的经过，说这段话时陈云林语带哽咽。
民众抗议
陈云林在台期间遭到各路民众的抗议，虽然在警方强力清场下，海协会代表团并未与抗议民众正面遭遇，但陈云林说他听到了，也看到了这些抗议的声音，而且在到台湾前也对此作好了思想准备。
而海协会副会长郑立中在回记者相关提问时，则表示这次两会签署的四项协议涉及家万户，台湾多数民众理解支持，对他们抗议的是少数人。
他说这些少数民众因为不理解，而参与了个别党派组织的对抗性活动，只是暂时的现象。
他并表示，由衷的欢迎这些民众到中国大陆多走走，多看看，多交流，这些隔阂与误会都会消除。
海协会在同海基会签署了四项协议后，双方互赠礼物标志两岸合作双赢，但是在这种两岸政府和解气氛，以及海协会软调的讲话下，台湾内部也因为这次陈云林的到访，而扩大了分裂。
警方动用七千名以上警力的维安，对于抗议陈云林人士亳不手软，这固然维持了两会台北协商表面上的和谐，但也引起众多争议。
流亡在台的西藏人是这次陈云林到台时抗议群众之一，他们在陈云林下塌的圆山饭店外，高举着标志西藏独立的雪山狮子旗开车绕行，旗子遭到警方拉扯，人也被警方驱离；这些藏人召开记者会，希望台湾能支持他们的运动。
有藏独人士对台湾媒体说，警方在陈云林到台前，即到他的住处提出警告，要他不要向陈云林进行抗议活动。
警方干预
警方表示架走抗议人士是为了因为他们没有合法集会游行权，不过这些人士往往在实际抗议行动前即被警方架走，这固然事先阻止了陈云林可能遭遇难堪面，但也涉及了言论自由与行动自由的争议。
以周二发生的一起冲突事件来说，陈云林在台北接受国民党荣誉主席连战宴请时，酒店附近一家唱片行播放台独人士聚会时经常播放的歌诵台湾的唱片，门口聚集了支持台独群众，但大批警察冲入唱片行，制止音乐播放并强行拉下唱片行大门。
民进党立委在卓责这起事件时激动落泪，因为警方的行为让他们想起了台湾解严前，当局对主张台独人士的压制，他们痛批执政的国民党，因为陈云林的到访而使台湾重回戒严时代的警察国家。
对中国应采取何种态度，一直是台湾内部政治上无法取得共识的议题，而警方架走身穿台独标语服装人士，扯下台独人士手中的国旗，但一群拿着五星旗迎接陈云林到访的民众却安然无事，这样的画面经电子媒体的传播，也加深了独派民众的愤怒。
无论是陈云林的讲话与郑立中对抗议民众的喊话，虽然基本上维持软调，但是民众抗议的主题，不管是台独，藏独，或是法轮功，都是被北京视为禁忌的政治议题。这些主张是否能像郑立中期待的，以通过到中国大陆各地参访来化解，存在疑问。
主张台湾独立的民众，将在星期四进行大规模的围城示威，海协会的软调与台湾警方的压制，看来并没有化解抗议的力度。
