换言之，引爆几个月来台湾社会争议的“国会扩权”多数法条，已尘埃落定，但留给朝野政党甚至整个社会的争议，却才刚开始，究竟本次修法中，那些问题最具争议?
藐视国会罪 立院无限扩权?
已二读通过的《立法院职权行使法》修改法条中，规定未来被质询者，除国防、外交等机密敏感事项之外，不得任意缺席、拒答或拒绝提供相关数据。
答询时也不能对立委反唇相讥地“反质询”，否则一旦被视为“藐视国会”，最高可处20万元台币（约4万5千元人民币）的罚款。
此外，国民党党团提出的《刑法》藐视国会罪相关法条，更将明订对隐匿或虚伪陈述的被质询人送交司法侦查，最高可处3年以下有期徒刑，相关法案预计在28日表决。
位于台中的亚洲政经与和平交流协会理事长沈有忠指出，该法条最大问题，在于台湾过去并无任何相关的惯例，且法条认定从宽，若真的只要主席认定违法或是5名立委联署就可将官员移送调查，恐有不小的争议。
例如，答询资料准备不齐全，也可能触法，可能导致未来官员赴立法院备询前，得准备好不必要的海量资料，反而造成议事被堆积如山的数据瘫痪。
沈有忠告诉美国之音:“可能漏送了一页，你就是藐视国会，我们是从比较极端的案例去推(测)，但不能够排除如果将来政党恶斗情况下，藐视国会会变成是一个工具。”
总统国情报告常态化“即问即答”恐酿宪政危机
依据台湾现行法令，是由行政院长向立法院提交施政报告，并接受质询，但新法规定，总统须于每年2月向立院送交国情报告书，并于3月1日赴立法院进行国情报告。
引发争议的是，虽然美国跟法国也有类似制度，但皆强调总统只做报告，不接受质询，台湾通过的新法却规定总统必须接受立委“即问即答”。
位于台北的中研院法律学研究所研究员黄丞仪在接受美国之音访问时指出，该条文恐破坏台湾在1997年修宪时创设的权力分立体制“双元民主制”，让立法院实质上凌驾于《宪法》规定，而向“议会制”倾斜。
黄丞仪告诉美国之音“行政权有它独立性，尤其是在总统的身上会特别地明显。所以现在这个(《立法院职权行使法》修正草案第15-4条)规定等于是实质上在修宪，就是改变了《宪法》的规定。”
沈有忠进一步指出，在极端的政争情境下，还必须思考若是总统“即问即答”过程中无法让立法委员满意，会不会也被扣上“藐视国会”的帽子?他说像这样的意识陷阱或危机，也须提前考虑。
立院扩增调查权，恐干预民企经营
依据已经完成二读的法案，立法院可以设立调查委员会、项目小组，对相关议案行使调查、调阅权，相关政府机关、部队、法人、团体或社会上有关系人员必须配合出席听证会、提交相关数据，否则亦可处以罚款。
尽管立法过程，对于涉及国家机密、个人隐私和营业秘密的内容有所规范，但连日来，外界争论的疑虑，着重于立法委员取得这项权力之后如何执行，并保障出席听证人员的权益。
位于北台湾新竹的阳明交通大学特聘教授林志洁指出，台湾立法院缺乏诸如“立法委员行为法”等自律与规范利益冲突的架构，在此情形下，贸然通过调查权，还可处罚公务员，侵害了原本独立的监察权。
此外新法还把“国会调查”之手伸向民间私部门，僭越了《宪法》赋予立法院的主要权限，甚至造成欧洲商会提醒其会员要警惕有关修法风险。
林志洁说:“它的对象如果到私人的时候，已经逾越了(立法权)，我们创设立法院是希望你能好好地监督行政，不是变成一个‘特侦组’来侦查人民，尤其是你自律规范、利益冲突的要件这么的弱，却可以要求企业跟私人团体去交出账册、税务资料，这些都是让人感到不寒而栗。”
林志洁直言，更令人忧心的是，推动修法的在野阵营，会否跟中国政府里应外合?国民党党团总召傅昆萁上月底率团访中，回来就大张旗鼓修法，她说“如果可以不经过正当程序，就通过要件这么乱七八糟的法案，未来当然也有可能会通过伤害台湾社会，或影响台湾国家安全的草案”。
不仅台湾学者有这样的疑虑，5月24日，包括前美国在台协会(AIT)台北办事处处长司徒文(William Stanton)在内的30名国际学者专家投书《外交家》（The Diplomat）杂志，发表联合声明，对此次国会改革提案“表达严正关切及失望”。
文中指出，国民党党团总召傅昆萁说过，改革目的就是要让民进党“找不到人当部会首长”，另一名国民党立委翁晓玲还说，立法院对行政部门质询是“上对下”关系，这都违反宪政原则。
审查过程遭指黑箱 被批立院“人大化”
除了法条内容引发争议，此次修法过程也遭致批评。
在5月17日的议程中，由于朝野立委爆发冲突，双方都不愿回到座位上使用表决器，立法院长韩国瑜罕见决定使用举手表决，遭民进党立委质疑，举手表决在台湾已经35年未曾使用，反倒是中国的全国人民代表大会还在用，此举形同逼台湾民主倒退，让立院“人大化”。
尽管上述程序并未违反议事规定，强势表决却让许多民众回想起2014年，同样在国会占有多数优势的国民党团，用30秒通过高度争议的“两岸服贸协议”，成为引爆“太阳花学运”的导火索。
连日来，“没有讨论，不是民主”也成为许多前往立院抗议的民众手中高举的标语，5月24日晚间，一名在立法院前抗议的学生向美国之音表示，自己会走上街头，是因为“反对没有经过任何讨论，强行通过这样的法律，是没办法让人民幸福的”。
对于法案备受争议，国民党主席朱立伦在表决前表示，这些法案在西方民主国家都是普遍被接受的，不论是调查权还是总统国情报告，都应该入法。朱立伦还指出，这些内容是民进党过去在野时期的主张，却在执政后放弃这些理想。
朱立伦强调，国会改革是为了让中华民国的国会成为跟西方民主国家一样的国会，在野党希望给立法院更多监督政府的权力。
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