抗议声浪
台湾独派团体“台湾国”等十多人为抗议双城论坛，于星期一上海访团抵达台北时，在松山机场外举旗抗议，高喊“台湾中国，一边一国”、“统战样板，论坛停办”等口号。
“台湾国”理事长陈峻涵针对台北市长蒋万安有关双城论坛的言论提出批评，他表示蒋万安称论坛秉持“对等、尊严、善意、互惠”的原则进行，但皆与事实不符。
陈峻涵指出，台湾的首都是台北，对应的应是中国的首都北京，但所谓的“双城”论坛却是台北对上海，并不“对等”。此外，这次带队前来台北交流的仅是上海排名第三的副市长，并非市长，他质疑此次论坛是台北市的“自我矮化”。
针对“尊严”的部分，陈峻涵提到前些时候由台湾前总统马英九基金会主办的中国学生团赴台访问，其团员以“中国台北”称呼台湾队，严重损害了台湾的尊严。他更进一步批评，双城论坛举办多年来未见成效，既无“互惠”可言，也未能降低中共对台侵略的野心。他认为，这样的论坛既未带来正面效益，也毫无实质意义，应立即停办。
“这(双城论坛)是一个统战的样板，所以我们建议，论坛要立刻停办，同时我们会在这安静等中国人来，要让他们知道，绝大多数、百分之八十以上、甚至百分之九十的(台湾)人都很清楚认知，台湾、中国就是一边一国。”他说。
人权关切
台湾的“声援富察联署工作小组”也于星期一针对一年一度的双城论坛，向台北市长蒋万安发出一封公开信。富察(李延贺)是台湾出版集团八旗文化总编辑，于去年3月底在上海遭秘密拘捕后，至今音信全无。
“声援富察联署工作小组”在信中表示：“您多次强调，两岸交流应该禀着‘对等、尊严、善意、互惠’的原则。但是逮捕富察，无限期关押、不起诉、不审判，却也不放人，不公布关押地点，种种作为绝对不符合您说的四项原则，不对等、没有尊严，缺乏善意，毫不互惠。”
“声援富察联署工作小组”表示，希望蒋万安能在论坛期间向上海政府表示关切，“要求中国尽快给予富察公开、公正、公平的审理”，以保障富察的基本人权。
台湾各方观点
亦有民进党台北市议员批评蒋万安在论坛中对中共的行为未作出应有回应。民进党籍台北市议员陈怡君批评蒋万安称，“台湾的长辈在中国被非法居留，以及中国对台湾文攻武吓，吃台湾的豆腐，加强军演等等这些议题，身为台北市长的蒋万安，身为律师的蒋万安，完全一个字都不敢提。”
另一名民进党台北市议员许淑华则表示，“看得出来蒋万安非常的小心翼翼，怕惹中国不高兴，要严厉的谴责，如果双城论坛只沦为一个他做政治红利的一个平台，那大可不必再办了。”
针对双城论坛引发的质疑，国民党发言人杨智伃向美国之音表示，国民党尊重不同意见的表达，但强调两岸交流的重要性。
杨智伃说：“民调显示出有64.8%的(台湾)民众，认为两岸的关系在更紧张的情况下，双城论坛更应该要进行交流与对话，更显现出其正当性、必要性以及重要性，国民党会继续坚持以对话取代对抗，为两岸创造更和平的文化、经贸交流。”
此次双城论坛也引发了台湾政府与台北市政府之间的意见分歧。此前台北市提交的一份论坛参与名单，当中有11名人员被台湾政府驳回，包括上海市台办主任金梅等人以及九名中国媒体随团。
对于被质疑限制两岸交流的说法，台湾陆委会星期一重申“持续推动两岸健康有序交流”政策不变。
陆委会表示，自从中国国台办今年6月发布“惩独22条”以及设立举报“台独”专线后，已经严重影响了两岸的正常交流，也对台湾民众赴中国的安全构成威胁。因此，对于中国涉台系统的重要官员来台，台湾亦采取严格的审查。台办主任计划来台，须与台湾陆委会或海基会会面沟通，然而，上海市台办方面拒绝这项要求，导致台湾决定不让相关人员入境。
另外拒绝中国媒体访团一事，陆委会表示，目前台湾已有八家中国媒体进驻并有12名记者，若要报道论坛应已足够，无须更多记者，因此与“限制新闻自由”无关。
台湾淡江大学国际事务与战略研究所教授兼所长李大中接受美国之音采访时表示，两岸交流本应由中央政府主导，但如今相关管道已完全中断。在当前两岸紧张的氛围下，台北市府在进行论坛的事前协商时，势必更加敏感与谨慎。他指出，城市之间的交流不应被过度放大为一种威胁，也不需将所有与对岸的互动都解读为带有统战意图。
李大中说：“因为现在两岸关系已经没有什么官方的往来，上海跟台北是属于比较地方层级，但是很重要，我觉得有沟通不是坏事。”
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