北京大学部分在校生和校友针对北大举行学习习近平给北大同学回信活动发起联名信提出异议，但公开信被从网络删除，发起人也受到压力。

北京大学公布的新闻稿说， 北大考古博学院2009级本科毕业班三个专业的学生在团支书和班长的倡议下给习近平写了一封信。习近平回信后， 团支书激动地向同学们传阅。5月3日下午，北京大学至少开了三次学校层面的会议，回忆传达和学习“总书记的回信精神”，并举行了“学习贯彻习近平总书记回信精神座谈会”。

北大校方的做法引起北大部分校友和在校生的不满。70多人联署的公开信说， “作为曾经的北大学子，我们对母校这一赤裸裸的政治献媚之举深感震惊。我们当年之所以报考北大，不仅因为这里有着国内第一流的学术环境，还因为她的校园文化中，对于蔡元培教育理念的认肯：‘大学学生，当以研究学术为天职，不当以大学为升官发财之阶梯。’”

联署信还指出，“主事者将这一政治献媚活动视为‘继续继承和发扬五四运动的光荣传统’，特意安排在校庆日进行”，“五四运动的光荣传统，究竟是爱国，还是爱领袖？是进步，还是进谄言？五四学生张扬的是民主，还是奴颜以媚主？追求的是科学，还是阿世之曲学？”

该公开信5月5日在网上发表后，在短时间内被大量转发，受到网民的热烈关注。多位重量级校友加入联署。

然而，在5月9日，北大党委通过公开信发起人黄芸的所在单位向其施加压力，表示希望不要将此事扩大。北大方面对联署信的回应是，只是想以此事为契机，把北大的科学和科研抓上去，并无其他意思。

联署信发起人表示，将结束校友的签署活动。这封公开信在中国网络上已被删除。