北京方面划设东海防空识别区也在台湾方面引起关注,因为所设区域在一定程度上,不仅与日方的防空识别区,而且也与台湾的防空识别区出现重合。据台湾中央社报道,台湾在野党民进党主席苏贞昌24日接受媒体访问时,呼吁马英九政府坚定地表示态度,因为识别区划定紧邻彭佳屿空域,对台湾也形成挑衅。他表示:防空识别区是国防主权与国防安全最重要的界线,中国不经由外交协商、没有善意,就直接划定,是区域霸权的手段。
国民党籍立委林郁方24日接受媒体访问时表示,大陆方面的识别区范围是针对日本,现阶段对台湾没有影响;
台湾国防部周六已对北京方面的举措表达遗憾,并称将依据相关处置规定,维护“国家安全与主权”。台湾国家安全会议当日召集相关部会商讨,并发表声明,呼吁相关各方和平对话,避免升高区域紧张情势。