在昆明发生3/01暴力事件以后，云南沙甸当局把在那里的900名维吾尔族人全部遣返新疆。有人权活动人士认为，中国当局这样做只能激化维汉民族矛盾。
香港《明报》3月12日报道，3月1日昆明发生恐怖袭击事件后，云南沙甸政府加强了对暂住维吾尔族人的警戒。3月6日，载满维吾尔族乘客的几辆大巴，在警车护卫下离开沙甸。目前，暂住沙甸的近900名维族人被要求离开，大部分被遣返原籍新疆。有沙甸镇巿民透露，不仅该镇维吾尔族人全被遣返，据传整个红河州的维吾尔族人也都被遣返原居地。这是当局首次公开遣返维族人。
在美国的“维吾尔人权工程”的资深研究员亨利克-萨兹耶夫斯基认为，中国云南当局的这种做法只能激化维汉民族矛盾：
“我想，问题在于，当局这样出面将维吾尔人聚集起来然后集体遣返原籍，这种做法不但与中国目前公民可以自由走动的现实是不相符的，更严重的是，当局的这种做法只会加剧民族间的隔离。在新疆各地，民族隔离的局面已经相当严重，不同民族几乎是自愿地选择相互隔离，相互之间不来往。当然，需要强调的是，昆明火车站发生的恐怖事件，从各方面说都是很可恶的，应该受到强烈额谴责。但有关方面应该停止把维吾尔族整体标签为恐怖分子。其次，当局不应该搞将个别民族边缘化的事情，而是把他们包容进来，并让他们成为自己命运的决定人。”
而有海外维吾尔组织说，不仅云南，北京、河南及陕西，都在遣返维吾尔人。
旅美中国学者、人权活动人士刘青先生也表示，中国各地这种将打击面延伸到无辜的维吾尔族人身上的做法是很不明智的：
“首先我认为，云南当局的这个做法，是对这些维吾尔人权利和尊严的迫害。就是说，把这些没有被证明与恐怖事件有牵连的人就这样遣返新疆，这是对他们权利的侵犯和迫害。一个理智的社会里不会牵连无辜的人。云南当局的这种做法，等于是把歧视和迫害加在无辜者身上了。这样的做法，只能使这些无辜者心理充满了怨恨，甚至有把一些人推向极端或从事恐怖活动的潜在可能性。”
云南是维吾尔族人聚居的地区之一，大约有数千人。他们一般是做生意，也有人把小孩被送到当地回族人办的伊斯兰学校，学习宗教及阿拉伯语。香港《明报》的报道引述当地知情人的话说，云南省红河州个旧巿沙甸镇，近年聚居了近900名来自新疆的维吾尔族人，因为沙甸经济条件好，打工赚钱容易，是定居好地方，还有不少民办的伊斯兰教经文学校。
