由于三人专家组在公布时只有一人获委，但已「闪电」辞职，加上立法会否决用特权法调查，令高铁工程延误的独立调查，开始无期，未知能否如期在本年内完成调查。

港府昨日(2日)傍晚5时15分公布，委任香港大学土木工程系讲座教授李焯芬为调查小组主席，另两人有待公布，其中一人会是海外专家。小组职责为调查高铁香港段延误的原因，可全面审视整个高铁工程的流程、项目、工程及合约管理，以及港府监管是否有问题。

港府公布后的一个半小时，《苹果日报》网上实时新闻指出，李焯芬是高铁承建商之一的保华建业的非执行董事，该公司承接了价值1.6亿港元(下同，折合约1487欧元)的障碍物移除工程，并与其他两间公司合力承接33亿元的西九龙总站（南）的建造工程。较早前，总站(北)的工程因有坚硬岩石而大受阻延。

李焯芬其后在7时28分回复传媒查询时承认，已向港府辞任小组工作，「以释疑虑及确保小组的独立性。」

运输及房屋局确认接纳李的辞职消息时承认，委任李焯芬时，未察觉他与承建商的关系，而李焯芬亦没有主动提及。

不过，李焯芬与保华建业的关系已有数年，且是网上公开资料，2011年时，身兼大亚湾核电站核安全咨询委员会副主席的李焯芬亦曾因保华有核电投资而传出利益冲突争议，传媒难以明白当局为何会「未察觉」。另外，李焯芬当年曾公开支持建造高铁，表明总站须座落西九龙，已令人质疑他的公正性。而香港理工大学土木及环境工程学系副教授熊永达指，李焯芬与港府一向有商有量，委任李，港府的安全系数可谓相当高。

立法会铁路事宜小组委员会议员范国威批评，若非港府刻意铺排设局以自己人查自己人，便是资料搜集不足，处事极为粗疏儿戏。他认为，港府对高铁的监管已近乎失控，建议港府委任独立外国专家彻查事件。铁路事宜小组主席田北辰亦认为，港府在委任前的背景调查方面，严重疏忽。

而在港府公布成立专家组前不足两小时，立法会内务委员会以27票赞成、34票反对、1票弃权的情况下否决引用《立法会（权力及特权）条例》，以调查高铁工程延误。多名建制派议员认为，应观察香港铁路和港府下周一(5日)在铁路事宜小组委员会交代事件的表现，再作决定；不过，多名泛民主派议员忧虑，港府未必会毫无保留地交代，立法会用特权法调查，有助议员掌握全面资料。

提出使用特权法的范国威表明屡败屡战，将于下周的铁路事宜小组再提出以特权法调查，失败后会再在5月14日的立法会大会上再提出。