第六世达赖喇嘛居然变成了一个离经叛道的人，拒绝过出家人的独身生活。他宣布退戒，变成了一个出名的放荡人物，喜欢写情诗，晚上还跟拉萨的妇女狂欢痛饮。有些人和拉藏汗一样，都认为那个摄政不负责任，没有坚决要求那位达赖喇嘛遵守教规。这种要求究竟是基於诚信的理念，或者只是藉以用来打击那位摄政，就不得而知了。不过，那位摄政和拉藏汗之间的关系就一直恶化下去，到了1705年时，拉藏汗获得清帝的支援，并联合了一些西藏的贵族世家，在拉萨攻击那位摄政，打败了他的部队。摄政被杀之后，拉藏汗成为藏王，不但得到了封号，而且还能掌控实权。
中国皇帝派使臣至拉萨，承认那位汗王为在其保护下之西藏统治者。接著，汗王也同意向清朝定期纳贡，以报答其保护之恩。於是，拉藏汗便将他自己以及当时他所统治的西藏，以从属关系，归顺於清。拉藏汗同时还宣称仓洋嘉措不是真正的第六世达赖喇嘛，报请清帝核准，遣送他去北京。他还私自安排了另外一个年龄相若的僧人去顶替其位，且让人相信他在早几年前就该被确认为真正的第六世西藏教主。因为拉藏汗握有控制西藏的军事力量，所以他能为所欲为，可是，也激怒了僧众和百姓，因为他们仍然认为仓洋嘉措才是真正的第六世达赖喇嘛。仓洋嘉措在赴北京途中去世以后，西藏立即谣言四起，都说他已在理塘（康区）投胎转世，因为在他去世前写的一首绝美动人的诗句中可以找到根据。诗曰：
白鹤啊，借给我你的翅膀。
我只走去理塘，然后就回来。7
当拉萨扬起对时局不满的情绪时，拉萨附近三大格鲁派寺院的僧众便转向格鲁派的准噶尔族蒙古信徒求助，目的是要推翻拉藏汗和他的假达赖喇嘛，而且还要把一个在理塘出生的男孩立为第七世达赖喇嘛。
1717年，七千名准噶尔骑兵进入西藏，在一批西藏僧众和百姓的协助下，很快就打败了拉藏汗，拉藏汗在战斗中被杀。准噶尔人任命了一个新的西藏摄政，废黜了拉藏汗所立的“僞”第六世达赖喇嘛，捕杀了一批曾经全力支援拉藏汗的贵族和喇嘛，而且也变成了西藏的新统治者。不过，没多久，那些蒙古人就激怒了西藏人，因为他们恣意掠劫，并杀害了一些红帽派的喇嘛。而最关键的问题还是因为他们不能把新确认的第七世达赖喇嘛从安多带到西藏来，以实现他们的诺言。清朝皇帝及其盟友都了解达赖喇嘛在政治上的重要性，所以就抢在准噶尔人的前面，先把理塘男孩安置在他们的控制下。那时，反对准噶尔人到西藏来的情势，很快就在拉萨酝酿起来了。
就在那个时候，有两个西藏贵族——颇罗鼐和康济鼐——开始在西藏的西部和西南部组织军队，反抗准噶尔人，清帝康熙也派了一支部队进藏，那是因为拉藏汗在他被打败以前就曾向清廷求援。当那支清军被准噶尔人消灭以后，在北京的大部分朝臣都反对再派军队到西藏去作战，但是，皇帝把西藏视为中国西部（四川、甘肃和云南）一个重要的缓冲区，不愿意让他的宿敌准噶尔人继续在那里进行控制。8於是，他便再度下令，派出一支更大的军队进藏，并且随军护送那位年幼的第七世达赖喇嘛。当清军由安多和康区进藏时，颇罗鼐和康济鼐的西藏军队就从西南方向进入拉萨。这回，准噶尔人被打败了，清军於1720年十月带著新选出的第七世达赖喇嘛进入拉萨。那时，清军就控制了拉萨和整个西藏。
清朝皇帝不想把西藏纳入中国政治管理的常轨。他的目的只是要控制西藏那些有反抗企图的首领们的各种活动，特别是要防止那里的喇嘛利用他们在宗教上对蒙古人的影响力来损害清朝的权益。以前，清廷曾用封号和赠礼来赢取西藏高层喇嘛如达赖喇嘛等的友谊和效忠，可是，事实证明那种策略并不能达成目的。现在，清朝决定把西藏变成一种类似保护国的模式，以确保朝廷在那里的权益。那个强大的清朝会保护西藏，使他们在内政和外交上皆不受任何干扰，只要他们不妨碍清廷的权益，那些由朝廷恩准的藏族首领就可以在那里行使政权。这种非积极性的统治模式，清政府一直把它维持到十八世纪的末期，其间，他们在不得已的情况下，又再派过三次军队进藏。
清廷在西藏政府组织上进行了几项重要的改革。他们在布达拉宫给那个十五岁大的理塘男孩举行坐床典礼，让他成为第七世达赖喇嘛，而且还捕杀了亲准噶尔的几个首要官吏，包括那个由准噶尔人任命的西藏摄政。清廷在拉萨设立军营，驻扎数千兵力，以巩固其控制西藏的新姿态。他们也废除了摄政衙门（和硕特蒙古人於1642年创设），并於1721年起改由四名阁员（噶伦）共治，康济鼐即为其中之一，任为主席。四名阁员皆为重要的西藏俗官，他们都曾拥护拉藏汗，并且反对准噶尔人入侵。
耶稣会的德斯德立神父当时就住在拉萨。他以预言家的笔调把那时所发生的情况描述如下：“经过了近二十年的动乱和灾难，这个……西藏……终於在1720年十月被中国的皇帝征服了，而且，他的子孙将来也许还要在这里继续统治很多个世纪。”9格鲁派和噶玛噶举派之间的教派之争，首先导致西藏处於和硕特蒙古人的控制之下，接著又是准噶尔蒙古人，最后就是清朝。清朝在西藏的统治权，一直持续到1911年当他们自己的势力在中国衰落为止。
