固始汗是和硕特部族的首领，为西蒙族的一个分支，驻地在准噶尔，也就是今日新疆的东北部。因为他是达赖喇嘛的信徒，所以答应相助，於1637和1640年间在安多与康区打败了那些反对格鲁派的势力，并逐渐把他的整个部族迁驻到安多地区。后来，固始汗又应第五世达赖喇嘛的总管大臣（政务官）索南曲佩所请，进军西藏，直攻藏巴汗在日喀则的大本营。格鲁派也派出了一支由他们自己的僧侣所组成的部队去支援他，1642年攻下日喀则时，就把藏王（藏巴汗）处决了。

固始汗把统治全西藏的最高权力交给了第五世达赖喇嘛，并任命他的总管大臣索南曲佩为摄政，掌管日常政务。黄帽派的主要对手噶玛噶举派惨遭击败之后，立刻就受到格鲁派政府的积极迫害。他们大部分的财产和土地都给没收了，很多寺院也被迫改宗格鲁派。於是，黄帽派很快就使所有其他各派在规模、实力和财富上黯然失色。

利用外国军队在自己的国家里面夺取权力是很危险的；说服他们进来可要比劝他们离开容易些。这就是西藏当时的情形。固始汗替他的上师平定了西藏后，并没有立刻撤兵回安多去，反而把藏王的封号取来加在他自己身上，以后还要传诸子孙。他们这一家族也就因而留驻西藏的中心地区，每年夏天住在拉萨北边的牧区，冬天则住在拉萨。用来维持那个新政府的军事力量就掌握在他手中。国事虽然由达赖喇嘛和摄政去处理，可是，很显然地，他们多少还是必须徵询他的意见。

正当格鲁派把西藏统一起来，用自己的力量去管辖的时候，另外一个和中亚民族有关的满洲族，也正在完成他们征服中国的帝业。1644年，他们建立了一个新朝代，清朝，而且一直延续到1911年。格鲁派和满人在他们都尚未得势的时候，交往得并不密切，不过，在得势以后，清帝就邀请第五世达赖喇嘛往访北京。他应邀成行，并於1652年到达北京。满清皇帝给予达赖喇嘛极大的礼遇和尊敬。在这次会晤中，没有任何徵象足以显示那位西藏教主在政治上是处於从属的地位。他拥有和硕特蒙军的支援，而且在其他各蒙族中信徒甚众，有些对清廷的安危还有举足轻重之势，所以，这位达赖喇嘛绝非等闲之辈。

西藏的安定局面一直持续到1682年第五世达赖喇嘛去世为止。后来由於转世传承的问题，西藏的局势也就开始日渐衰败下去了。因为一个已故上师只能转世到一个在他去世以后才出生的人身上，所以，那个新转世的教主的未成年时期免不了要经过十五到二十年之久。这段时期就可能不会安定，因为别人要以他的名义去掌控大局。第五世达赖喇嘛去世时的西藏摄政是桑结嘉措。他为了处理当时的“危机”，便不把死讯公诸於世。不知道是因为他怕自己的地位受到威胁，或是当时有可能会发生大乱，他居然佯称达赖喇嘛已经退隐起来闭关修行了，谁都不可以去打扰他。这个骗局一直维持了十四年，在那段期间，他以第五世达赖喇嘛的名义进行统治，直到1696年，这个秘密才被揭穿。

在此期间，那位摄政还勾结强大的准噶尔蒙古人，其首领噶尔丹曾在拉萨格鲁派几个主要的寺院里当过喇嘛。那位西藏摄政好象是鼓励过准噶尔人（以达赖喇嘛的名义）去把所有蒙古各部族都统一起来，集中在他们的势力之下。当1682年准噶尔人在攻打东部（喀尔喀）蒙古族而获大胜时，一个重新统一起来的蒙古似乎又有出现的可能了。

我们只能推测那位摄政本来是想要利用准噶尔族的势力去抵制和硕特蒙古人在西藏的军力，也许还要强迫他们离开西藏回到安多去。他也可能觉得在准噶尔人统一下的蒙古，达赖喇嘛的权力和地位将会大大地提高，因为他们会视他为教主。不过，那位摄政是在玩一个高风险的游戏：准噶尔族是最后一个有足够的能力去挑战清朝天威的群体，因此，和他们站在同一边，就意味著要反对清朝的权益。

准噶尔族曾经试过要统一蒙古，但失败了。当那个打了败仗的东蒙部族来求清帝保护时，清帝接受了他们的归顺。他心想准噶尔人的精神领袖第五世达赖喇嘛仍然健在，就请他用他在宗教上的权威去说服准噶尔人停止他们的侵略行为。那位西藏摄政没有通知清帝说明达赖喇嘛已死，他就派了一个喇嘛使团到准噶尔去，表面上是去说服他们停止侵略行动，其实他却举行法会，保佑他们能打胜仗。准噶尔族继续往南向内蒙古推进。在那种情势之下，清帝便派出大军去抵制他们，并於1696年，在蒙古的克鲁伦河打了一个大胜仗。噶尔丹自尽。准噶尔族对清朝的威胁是解除了，不过，清帝也因此得到了一个危险的警讯，那就是有关西藏喇嘛的重要性，以及对西藏摄政在政治上的所作所为是不可以信任的。

几乎就在那个时候，清朝立即找到了一个干预西藏政务的机会。当固始汗的曾孙拉藏汗于1697年继承藏王的封号时，就开始想要重振他曾祖父当年所拥有的政治权威。这下就把他自己陷入与西藏摄政相互斗争的局面，而且那位摄政并不要蒙古的势力介入他的政府之内。

拉藏汗据为争论的原因就是第六世达赖喇嘛仓洋嘉措的行为。在第五世达赖喇嘛去世不久，那个男孩子就被暗中确认为新转世的达赖喇嘛，但是因为那位摄政把第五世的死讯隐瞒不报，所以他只宣布那个孩子是另外一个喇嘛的转世，因此，在1697年第五世的死讯终於得以公开以前，仓洋嘉措一直就没有坐床成为第六世达赖喇嘛。