这是一个连锁反应：西方以主权标准对西藏的介入刺激了中国在西藏确立主权的行动，中国的行动则刺激了西藏彻底摆脱中国控制的愿望。在东方式的朦胧关系中，西藏可以用“架空”方式保持实质上的独立，以表面臣服换取实在利益，一旦被中国纳入明确的主权结构，那就成了真正的臣服，权力遭剥夺，对西藏统治者而言是失去最大利益，是任何别的利益都不能交换的。
何况，日趋没落的晚清中国还能给西藏什么利益呢？西藏以往臣服北京的理由──寻求保护和仲裁──已不存在。一方面，从外交而言，当时的中国在国际争端中连连蒙羞，连自保都困难，又如何可能保护西藏。经历了两次与英国交战的失败，西藏对这一点有切肤之痛的认识；另一方面，从西藏的内政而言，十三世达赖喇嘛作为西藏政教最高权威的地位当时已经相当稳固，也不再需要依靠北京的仲裁和支持。
1900年，俄国一支持有中国政府批准之护照的考察队在藏东察木多（昌都）地区琐图村受到藏人阻挡。中国护照不能说服藏人让路，用考察队首领科兹洛夫的话说：“射手比任何中国护照更可靠”1。在与藏人的冲突中，俄国人枪杀藏人21人，伤19人，焚烧房屋并掠夺马匹，然后毫无损伤地扬长而去。事件发生后，俄国人没受到任何处置，反被中国方面护送出境。而对要求官府作主的藏人，清政府一拖再拖，拖了三年。最后是由清政府按每个死者八十两银子，每个伤者十六两银子，共付二千零三两银子就算了事。当时的驻藏大臣裕钢在结案后写了一份奏折，仅看那份奏折2，已经足够理解藏人为何要抛弃中国另寻靠山。
西方尤其是英俄势力在亚洲的迅速扩张，使原本仅为中国专有活动领域的西藏，处在了中、英、俄三个大国之间的三角地。中国不再是对西藏而言的唯一强者，且事实表明，中国远不如另两个大国。十三世达赖喇嘛曾经把寻找新靠山的希望寄托于俄国。他把俄国当成信奉佛教的国家，从而希望能重现元朝那种结构──由西藏人充当精神领袖，一个强大的世俗帝国充当信徒、施主兼军事上的保护者。他在1904年逃出拉萨躲避英国人，也许就抱着与俄国人建立联系的愿望，企图依靠俄国抵抗英国。但是当他到达与俄国距离已经很近的库伦（今天蒙古共和国的首都乌兰巴托）时，俄国在对日战争中失败，俄国国内发生1905年革命，举国混乱，十三世达赖喇嘛的幻想也不得不随之破灭。
那一段十三世达赖喇嘛陷入痛苦的彷徨，甚至居住地都成了问题。他的宗教地位超过库伦的蒙古大喇嘛，后者被对比得相形黯淡，大量信徒把供奉送给达赖喇嘛，使其蒙受损失，于是库伦大喇嘛改变了开始对达赖喇嘛的欢迎，逐渐变得无礼，捣毁了达赖法座，还当着达赖喇嘛的面吸烟3。世态炎凉令人寒心，连宗教领域也非净土。十三世达赖想回西藏亦受各方阻碍，不能实现。他还是没有摆脱掉中国的控制。当他被召到北京给慈禧太后祝寿时，也许他还有与清廷达成谅解的一丝希望。多数史书认为他与中国的最终决裂，在于慈禧太后坚持要他见面时下跪。虽然西藏在世俗权力中臣服中国，但是达赖喇嘛从来认为自己的宗教地位至高无上。何况从前五世达赖喇嘛到北京时，不但未曾下跪，清帝还出城远迎。然而时过境迁，当年的清朝为了安蒙古需要笼络西藏，此时的清朝则需要表现自己对西藏的主权。西藏的政教合一使达赖喇嘛不仅是宗教领袖，还是西藏世俗权力的最高代表，所以他必须下跪。为了解决这个争执，十三世达赖喇嘛觐见的时间拖后了半个月，最终的妥协是达赖喇嘛以单腿跪拜慈禧太后与光绪皇帝。这对从来以神自居的达赖喇嘛，内心屈辱是可想而知的。而这种屈辱是迫于没有民族前途的无奈，痛苦就会更深，也必然使他产生更强烈的逆反心理。
慈禧太后与光绪皇帝见了十三世达赖喇嘛之后，仅在一个多月内，两人相继死亡。本已千疮百孔的晚清王朝陷入更加风雨飘摇、朝不保夕的境地。那时达赖喇嘛一直逗留在北京，贴近地目睹清王朝的腐朽和没落，肯定会进一步加强他摆脱中国控制的决心。他此次在外流亡五年的时间，极大地开阔了眼界，磨练了意志，建立了关系，使他从雪山深处的神王变成了一个民族领袖和政治家。
赵尔丰、联豫等在康区和西藏实行的新政，也深深地刺激了十三世达赖喇嘛，西藏的自由和传统，包括达赖喇嘛自己的统治地位都受到威胁，等于从根基上毁灭西藏社会。慈禧与光绪一死，十三世达赖喇嘛立刻就踏上回西藏的归程，并且在途中就开始遥控藏人进行抗争。
1 科兹洛夫，《蒙古和喀木》，莫斯科，1947年，页257-258。
2 奴才裕钢跪奏：为琐图重案办理完结，请奖出力各员，以示鼓励恭折，仰祈圣鉴事。窃查察木多所属琐图地方，前因俄人游历，番民被害日久案悬，经奴才于上年九月间奏明办理抚恤，免酿他衅。旋由外务部议奏饬藏派员速往抚办，奉旨：依议，钦此。咨行到藏，钦遵办理。本年二月问奴才复将派员前赴该处日期，附片奏闻在案。自委员到琐图后，叠据禀报，会同察木多文武及番属呼图克图等传集该处被害番民家属等剀切晓渝，允为恤赏，毋滋他衅，初据各番民等声称，俄人从前游历至此，恃强焚杀，各番民等无辜遭害，至殒命二十一人，受伤十九人之多，当时因先奉有驻藏大臣层（屡）次晓谕保护俄人游历之文，嗣又奉谕，静候办理，是以不敢报复于前，甘心忍耐于后。乞今事将四载，各番民等流离困苦，不堪言状，总求委员代禀，必须俄人抵偿番民之命，赔出房产失物。若用大皇帝币银抚恤，番民等万不敢领等语，由委员等具禀前来。经奴才叠次批饬，竭力抚导，务今感戴天恩，毋任始终执迷去后。该番民等仍执前言，坚不肯领恤银。复经奴才行饬察木多仓储巴格桑荣垫约同乍丫呼图克图等同至该处劝导，并由委员等宣渝皇仁，择番民中之稍能领悟者，再四指说利害。直至本年八月，始据各番民等遵办，愿领恤银，当由委员等酌议，其被害一命者赏银八十两，计二十一命，共银一千六百八十两；受伤一名者赏银十六两，计受伤十九名，共银三百二十三两，合共恤赏银二千零三两，分别发给该被害家属人等承领取具，察木多呼图克图及各该民等切实夷结完案，并由呼图克图等呈进谢恩佛匣。请为代奏，禀报前来。奴才伏查此案事起交涉，肇酿番民多命，情节既属重大，办理甚难措手。奴才自光绪二十六年冬间，初据察木多文武禀报，即屡咨总理衙门、理藩院等处，商请办法，并由四川督臣叠次电达北洋大臣及外务部，往返咨商，迄难定案。中间尚有藏番生事，欲调三十九族地方番兵追往与俄人为难，亦经奴才开导了息。二十七年因传闻该处番民有停支大道差使之意。奴才复派文案委员知府何光樊轻骑减从，前往开导，幸而迁延三载，始获抚恤完案，实各番民等感戴皇仁，不敢始终与俄国为难，且恤银无多，事半功倍，初非奴才意料所及，幸赖皇上天威，竟得消洱巨患……
中国第一历史档案馆，《朱批奏折》，外交类，第182卷，第7号文件。
3 恰白·次旦平措等，《西藏通史──松石宝串》，西藏古籍出版社，1996年，页914。
