胡适（网络图片）
殊不知统一的思想只是思想的僵化，不是谋思想的变化。……现在国民党所以大失人心，一半固然是因为政治上的设施不能满足人民的期望，一半却是因为思想的僵化不能吸引前进的思想界的同情。前进的思想界的同情完全失掉之日，便是国民党油干灯草尽之时。……我的骨头烧成灰，将来总有人会替国民党上“反动”的谥号的。——胡适
一九二六年七月二十二日，胡适暂时离开生活了十年的北京——在过去十年间，他从一名寂寂无名的普通“海归”，爆得大名而成为文化界的领袖。“我的朋友胡适之”是知识界的一张入场券，而进入过胡适的书房、跟胡适讨论过问题，则是北大学生的一大荣耀。
离开的时候，胡适自己并未料到，他就此告别了一种他再也无法返回其中的生活：在琉璃厂淘古书，到西山看红叶，与友人去上等餐厅品尝涮羊肉。虽然三零年代胡适还会回到古都，还会回到北京大学，但已然物是人非。南方正在兴起的种种事件，不仅最终将改变中国的政治面貌，还会改变胡适一年后要返回其中的那个世界的形态和各个方面的情况。
这是胡适从美国留学归来后第一次出国旅行，他从北京登上开往渖阳的快车，再穿越苏俄广袤的大地——顺道考察传说中苏俄欣欣向荣的社会主义，然后奔赴欧洲。年底，他再从欧洲前往美国。十个月之后，当胡适啓程回中国之际，中国的政治局势已然大变，跟他在一九二六年秋天的预测惊人相似——“吴佩孚三个月倒，张作霖六个月倒”，国民党将在五个月内取胜。
一九二七年四月二十四日，船到日本横滨，国内朋友们传来种种对中国局势的评估。在上海的高梦旦认为，“时局混乱之极，国共与北方鼎足而三，兵祸党狱，几成恐怖世界，言论尤不能自由”，“吾兄性好发表意见，处此时势，甚易遭忌”。
在南方如鱼得水的胡适的学生顾颉刚则认为，“广州气象极好，各机关中的职员认真办事，非常可爱”。顾颉刚劝告老师不要回暮气沉沉的北京，因为胡适的很多老朋友都在爲张作霖服务，“明白就是反革命”。顾告诫老师说，“如果北伐军节节胜利，而先生归国之后继续发表政治主张，恐必有以‘反革命’一名加罪于先生者”。最后，顾颉刚提出忠告，“如果要做政治宣传工作，最好加入国民党”。
老朋友丁文江劝胡适留在日本一段时间，研究学术，静观国内局势之演变，也借此机会熟悉一下日本这个可能很快就会在中国人生活中起重要作用的民族。丁文江此前在孙传芳手下任要职，此刻已是国民党的通缉犯。
胡适认为丁文江说得有道理，但他盘缠用尽，在日本没有私交，又不会讲日语，仓促之间难以找到一份教职。他决定如期回国，而且他不愿在祖国发生剧变之时在国外当旁观者。五月二十日，胡适从神户乘坐一艘小型日本轮船抵达上海。
此后，胡适在公共租界的极司菲尔路租了一套舒适的公寓，将妻子和孩子接来团聚，此后一家人在上海居住三年半之久。胡适在上海私立光华大学任教，又在东吴法科法学主持哲学讲座，两处要佔用四个上午授课。后来又担任中国公学校长、新月书店董事和《新月》杂志编委，在处理诸多行政和编辑事务之馀，平均每天还要写作三千字以上。那是他一生中最閒暇的时期，也是他最努力写作的时期，他完成了一百万字的文稿，包括《白花文学史》上卷、十几万字的中国佛教史研究、两万五千字的《菏泽大师神会传》、十七八万字的《中古思想史长编》等等。
胡适为什麽没有回到北京呢？显然不单单是採纳顾颉刚的建议。南京政府成立之后，中国的政治、文化中心南移，北京降格爲“北平”，北大的学术地位也有所下降，胡适觉得那裡不再是一个可供他长袖善舞的舞台。
胡适选择居住在上海，因为上海已经成为中国的经济中心，以及新闻出版的基地。上海的外国租界爲有独立思考能力的人提供避难所。上海离南京很近，住在上海，更容易对南京的新政府发挥影响力。
面对白色恐怖：说，还是不说？
此前，胡适在海外就中国政局所发表的言论，基本倾向于南方，对国民党和蒋介石抱有相当之期待，将国民革命视为新文化运动的一个新阶段。 他甚至成为国民党在海外的义务宣传员，赞同国民党在学校吸收和组织学生的做法，进而礼赞作为军队的领袖、老师、灵魂和大脑的国民党。 胡适认为，南京方面有蒋介石的军队，有蔡元培、吴稚晖、张静江等德高望重的“三老”的道义支持，有宋子文的理财能力，有可能形成中国的权威中心和稳定的基础。或许基于与宋子文的交情，年底胡适还应邀出席了蒋介石与宋庆龄的婚礼，并在婚礼上听到吴稚晖对蒋介石肉麻的吹捧。 然而，当时胡适就对国民党即将面临的困境有所预测，“没有现代学术训练的人，统治一个没有现代物质基础的国家，天下的事有比这个更繁难的吗”？
蒋宋豪华婚礼上响彻云霄的圣诗，与胡适在美国留学时在教堂中听到的一模一样，但这歌声并不能掩盖白色恐怖的血泊。回国之后，知道了更多关于清党的真相，关于国民党的派系斗争和腐败，胡适对国民党的态度发生了改变，他不再支持国民党的党国体制，而回到了自由主义的立场上——“一九二七年是胡适一生中的一个转捩点。在政治上，这个转捩点是最具戏剧性的。这是胡适最右倾激进、最法西斯蒂的昙花一现，也是他从右倾激进撤退的开始。”
如何看待国共两党的互相杀戮？能不能支持国民党的清党？即便是主张反共的美国记者索克思也公开评论说，南京等地“清党”造成的白色恐怖，更甚于两湖的赤色恐怖。 用胡适的老朋友周作人的话来说，“清党”的实质就是“以思想杀人”，这是“最可恐怖的”。胡适支持的《现代评论》杂志评论说：湘鄂因土豪劣绅之名杀人，北方以三民主义之名杀人，南京以共产党之名杀人，实际上都是爲了“政见不同”而杀人，结果是，“湘鄂愈杀反共产党人，苏粤也愈杀共产党人”。胡适认为，作为精英知识分子，与军阀说话是“对牛弹琴”，同暴民说话是“与虎谋皮”，那么与南京政府主持者中那些“思想清楚、眼光远大的人”说话呢？胡适的忠告是：“我们希望不再见胡乱的杀人、不经正式法律手续的杀人，爲了政见不同的杀人。”
胡适珍视人的自由和生命，批评政府对人权的粗暴侵犯。他重视宪法和制度建设，呼吁限制政府和政党的权力，保障人民的基本人权。他反对缠足、反对酷刑、反对杀人，也反对国民党自欺欺人的“训政”理论。他认为，人民的能力有限，民主政治正是因此有必要，民主政治就是增强人民能力的办法。如果说人民需要训练如何使用民主权利，那么政府更需要训练，而施行宪政是大家最好的学习办法。 所以，国民党应让人民参政而不必考虑人民的成熟水平，民主制度本身就有教育功能。儘管政治参与的最初阶段不免要出一些错，但也正是参政的经验将使得人民取得更好的政治判断力。
但此时国民党已大权在握，坚持施行“训政”。虽然只学到了苏联一党专政的一点外形，但党部中人挟“革命”之名而到处横行。 国民党人认为，中国人还没有自我治理的准备，必须由党来当犹如婴孩般的百姓的“保姆”。
国民党的“清党”在上海和南京尤其酷烈，胡适的老朋友们对此看法各异，分裂爲彼此对立的三大阵营。
本身就是共产党人或亲共产党的左派阵营，当然仇恨国民党的“清党”，并以暴易暴，在南昌、长沙和广州发起一系列暴动。胡适在北大的同事李大钊被张作霖抓捕并处死，胡适对其命运并无太多的同情，因为李大钊的行为确实是卖国。陈独秀被中共解职之后隐居乡下，儿子陈延年被国民党捕杀，胡适则颇为之伤感。数年后，陈独秀被国民党拘捕，胡适为之仗义执言。而对于昔日在北大图书馆当临时工的毛泽东，胡适大概没有留下什么印象。多年之后，在国共内战前夕，胡适致信毛泽东，希望毛放弃武力征伐，效仿美国政治家杰斐逊，参与竞争性的选举，通过选举上台执政。然而，这样的建议对于迷信“枪杆子里出政权”的毛泽东来说，实在是过于天真了。后来，毛泽东将胡适也列入“战犯”名单，五零年代在中国大陆发起了批判胡适的运动，肃清胡适的影响之后，西化派知识分子才会向新政权俯首称臣。
持第二种立场的，是全面投向国民党、支持国民党“清党”的蔡元培和吴稚晖等人。蔡元培主要起名义上的作用，吴稚晖则积极地参与其事。吴稚晖是“清党”运动的代言人，鼓动蒋介石对共产党大开杀戒。吴致信给上海的国民党特务头子杨虎，认为被捕的陈独秀的儿子陈延年“尤属恶中之恶”，建议“必当宣佈罪状，明正典刑”，这封信加速了陈延年的死亡。吴稚晖还在《大公报》发表文章，说江浙“清党”被杀的人“毫无杀身成仁的模样，都是叩头乞命，毕瑟可怜”。对此，周作人举出也有死得安详从容的人的例子后，谴责说：“吴君在南方不但鼓吹杀人，还要摇鼓他的毒舌，侮辱死者，此种残忍行为盖与漆骷髅爲饮具无甚差异。有文化的民族，即有仇杀，亦至死而止。若戮辱尸骨，加以身后之恶名，则非极堕落野蛮之人不愿爲也。”
持第三种立场的，正是周作人这样的人道主义者和人文主义者。周作人当然不认同共产党人的学说和实践，但他是最大胆地批判国民党滥杀无辜的知识分子。在五四一代知识分子中，周作人是思想最深刻、文字最优美、知识最渊博之人，可惜他的思想成就被汉奸的恶名所遮蔽，而不爲后人所重视。若不因人废言，重读周作人对清末以来中国政治、文化走向的观察和评论，则必叹为先知。周作人对人类文明和人性本质的理解，优于他的长期被过度拔高的哥哥鲁迅。
周作人不仅尖锐批评吴稚晖等“以笔杀人”和“爲杀人鼓吹”的知识分子，而且对胡适的过于低调和明哲保身也表示不满。周作人说，杀人固然是中国的遗传病，但他最奇怪的是“智识阶级的吴稚晖忽然会大发其杀人狂，而也是智识阶级代表的蔡、胡诸君在上海，却又视若无睹”。周作人批评胡适在历史的关键时刻未能起到“社会良心”的作用——不过，周作人对胡适的批评稍嫌苛刻，因为胡适回到中国时，上海的大屠杀已过去一个月，胡适并非此事件的亲历者。不过，周作人对胡适的期待是有道理的，因为胡适既是自由主义者，也是人道主义者，自然不能对政权系统性的杀人行为保持沉默。胡适在上海演讲提到中国还容忍人力车，所以不能算文明国。胡适将“人力车”与“文明国”作为两个对立的概念提出来，让人印象深刻。但是，周作人指出，浙江党狱，“清法著实不少，枪毙之外还有斩首，不知胡先生以为文明否？”而胡适“只见不文明党人力车而不见也似乎不很文明的斩首，此吾辈不能不甚以为遗恨者也”。
跟周作人一样，鲁迅也对上海残酷的清党屠杀感到“目瞪口呆”，那时他还不是共产党的同路人，但从此与国民党分道扬镳。鲁迅对日本友人增田涉说：“在这一点上，旧式军阀为人还老实点，他们一开始就不容共产党，始终坚守他们的主义。他们的主义是不讨人喜欢的，所以只要你不靠近它、不反抗它就行了。而国民党採取的办法简直是欺骗；杀人的方法更加狠毒。——打那以来，对于骗人做屠杀材料的国民党，我怎么也感到厌恶，总是觉得可恨。他们杀了我的许多学生。” 可见，鲁迅对国民党政府的痛恨甚于北洋政府。
残酷的“清党”夺去若干热血青年的生命——他们只是一时被共产主义这种邪恶的意识形态所矇蔽，大部分人罪不至死。屠杀不仅夺取数千条人命，更毁灭了一代知识青年的理性和希望，以及对南京政府的好感。《现代评论》敏锐地指出：“共产党裡面虽然有许多极无聊赖的人，可是大部分是青年，而且是有向上的精神、实行的毅力的青年。……我们希望不要爲杀几个人而失去一般青年的同情，我们更希望不要杀几个共产党而驱人表同情于共产党。”这大抵就是胡适的观点，他虽然没有周作人那样激愤，但基本立场与之近似。
然而，后来中国的时势，恰是朝着以胡适爲代表的“英美派”所担心的方向发展。自由主义反对暴力、反对杀人，却无法爲建构独裁政党、军队、特务系统以及民族国家提供强有力的论述。靠暴力和杀人来夺取权力的国民党和共产党都不选择、不欣赏自由主义，都将自由主义当作敌人看待。而渴望个人富裕、国家强大的民众，对自由主义者强调的人权、民主、法治也缺乏兴趣。“自由主义之所以在中国失败，乃因为中国人的生活是淹没在暴力和革命之中的，而自由主义则不能爲暴力与革命的重大问题提供什么答案。” 这是胡适及其信奉的自由主义在二十世纪中国必然遭遇的悲剧命运。
为什麽必须捍卫言论自由和思想自由？
这一阶段，胡适与国民党的论战，主要围绕言论自由展开。对国民党来说，孙文乃是不可批评的新偶像；胡适偏偏要针对孙文提出质疑，对孙文的大杂烩学说不以为然，对国民党将孙文打造成“国父”的宣传术也不予认可。他写道：
上帝可以否认，而孙中山不许批评。礼拜可以不做，而总理遗嘱不可不读，纪念周不可不做。一个学者编了一部历史教科书，裡面对于三皇五帝表示了一点怀疑，便引起了国民政府诸公的义愤，便有戴季陶先生主张要罚商务印书馆一百万元！
国民党的心胸还比不上北洋军阀，胡适在北京办《新青年》和《努力周报》没有遇到干涉，在上海办《新月》却遇到了大麻烦。一九二九年三月，国民党上海党部主委、宣传部长陈德徵在国民党全国大会上提出严厉惩处“反革命分子”。那么，如何定义“反革命分子”呢？陈氏的说法是：“凡经省党部及特别市党部书面证明爲反革命分子者，法院或其他法定之受理机关应以反革命罪处分之。如不服，得上述。唯上级法院或其他上级法定之受理机关，若得中央党部之书面证明，即当驳斥之。”
胡适被这种充满法西斯味道的言论触怒了，他立即给老朋友、司法院长王宠惠写了一封抗议信，其中写道：“在世界法制史上，不知在哪一世纪哪一个文明民族曾经有这样一种办法，笔之于书，立爲制度吗？”
于是，一场伟人与瘪三的战斗打响了。其实，陈德徵不配成为胡适的论敌，只是他的党棍身份让他进入胡适的“法眼”。他在历史上留下名字，仅仅因为他企图置胡适于死地。
对于胡适的抗议，陈德徵反驳说：“在以中国国民党治中国的今日，老实说，一切国家的最高根本法，都是根据总理主要的遗教。违反总理遗教，便是违反法律，违反法律，便要处以国法。这是一定的道理，不容胡博士来胡说的。”陈氏终于将国民党高层羞羞答答不愿说出来的话全盘托出：党章高于宪法，党大于政府。南京政府并不是继承中华民国的法统，而是重新打造的“党国”。
紧接著，国民党各地党部纷纷发电，要求中央下令封闭新月书店、逮捕胡适、撤销其中国公学校长职务并剥夺其公民权。一九二九年八月，陈德徵发出正式公文：“宣传部提议，中国公学校长胡适，公然侮辱本党总理并诋毁本党主义，背叛政府，煽惑民众，应请中央转令国府严予办案决议，呈请中央。”
胡适受到的惩罚仅仅是失去中国公学校长的职位，以及后来新月书店被查封。但是，坊间传言，胡适遭到逮捕，甚至有生命不保之虞。美国《纽约时报》驻华记者阿班甚至断言说，胡适面临死刑审判，连执行的日子都已经确定。《纽约时报》刊登了阿班的报道，并于一九二九年八月三日发表社论指出：
胡适博士是当代中国最优秀，最具建设性的领袖人物之一，其智慧，实在是远胜于他在政界的同龄人。……一九二七年回国后不久，面对主宰一切的排外主义，胡适便充满勇气，敢于放言，将西方文明与中国文明作比较，坚持认为，横遭抨击的西方物质文明中，其所蕴含的精神性，比之肮葬、残暴、极端漠视人类生命及充满宿命论的东方“精神文明”，要远胜一筹。胡适的真话，对于这一精心塑造的东方假想来说，无异于叛国之举。
中国企图逼迫外国记者沉默，已经够恶劣了。而当他们企图惩罚一个自己人，便不禁令人害怕，不知这种偏狭何时到头。要知道，这个受迫害者对当代中国所作的贡献，将被永远牢记，而迫害他的人，将早早被人遗忘。……作为中国新文化运动的领袖，中国最杰出的思想家，在胡适冒险对中国人道出实情时，他的声音，应该是去倾听，而不是去压制。
阿班将这篇社论在远东各国广为散发。英文版被送给上海的所有英文报刊，并通过无线电报发往中国各大城市，中文版则发给所有的中文报纸。日本、菲律宾等国的媒体也都有转载。阿班记载说，四天后胡适被释放。
然而，胡适在日记中并未记载自己曾被捕之事，国民党的官方文件中也没有相关记录。因此，胡适研究者格里达认为，此事可能是捕风捉影，是“优秀记者捕捉戏剧性事件的本能使阿班在这件事上走入了歧途。”
无论真相如何，胡适一定受到了国民党当局的恐吓，国民党用言论场之外的力量强行结束了这场论战。“儘管他很有威望和影响，但他对国民党习惯于用折磨、恫吓、酷刑和监禁的手段还是非常清楚的。他必须考虑自己的人身安全。在与国民党衝突后，胡适的态度明显转变，他以后再未这样严厉批判国民党了。” 像《人权与约法》、《知难，行亦不易》、《我们是么时候可有宪法？》和《新文化运动与国民党》这样的痛斥国民党的文章，从此成为绝响。再加上外部环境的急剧变化：共产党的武装割据，日本人的蚕食鲸吞，使得三十年代以后的胡适修正了对国民党的态度，“将国民党作为一个事实上的统治力量而接受，逐渐抱有认为那种诸如共产党领导的革命将加快加深中国危机这一看法”。 当然，胡适一生都没有放弃对言论自由和思想自由的鼓吹，只是选择更温和、更安全的方式。
教育独立、拒绝党文化是不可让步的
在这场关于言论自由的争论中，站在胡适对立面的国民党党棍们，说理说不过胡适，便求助于权力的外援。胡适受到了来自教育部的申斥，值得注意的是，当时教育部的领导者蒋梦麟是胡适在哥伦比亚大学的同学。胡适不客气地写信反驳教育部的公文，还保持了他一向引以为自豪的幽默：他没有忘记指出对方信函中的几处错别字。由此，胡适与国民党的衝突，从言论自由扩展到教育独立。
国民党对胡适採取一手大棒、一手胡萝卜的政策。一九二七年六月，国民党中央政治会议决定改教育部爲大学院，以蔡元培爲大学院长。十月，蔡请胡适担任委员，胡拒绝，直言不能附和“党化教育”。后来，在蔡的再次敦请之下，胡适勉强就任。次年五月，南京方面动员胡适参加全国教育会议，胡适几度推辞。老朋友钱端升说，“太坚辞了也好像生气似的”。连胡适自己也承认，“一年不到南京，早已招人疑怪”，于是决定去南京一趟。结果他发现，会场上大半是熟人，可见英美派知识分子多半已爲国民党所用。
但是，胡适不愿“学而优则仕”，更不愿放弃对教育独立的价值的坚持。蔡元培计划改北大爲中华大学，让李石曾任校长。胡适明确表示反对，在会上与吴稚晖发生激烈衝突。吴离开座位，跳起来大声斥责说：“你吗，就是反革命！”
胡适在会上“十分忍耐”和“不与计较”，回家之后即写了一封给吴稚晖的信，自称“不很明白今日所谓‘革命’是怎样一回事，所以也就不明白‘反革命’是怎样一回事”，要吴指出他犯了《反革命治罪条例》的第几条。不过，胡适稍后冷静下来，这封措辞激烈的信并未发出去。
这场关于“革命”与“反革命”的争论，正表明出“革命”这个概念已经成为一个不容置疑的善恶划分标凖。“革命”原本是本土词彙，它在二十世纪初的复活，很大程度上是借助日语翻译，也即受到某种西化的洗礼，遂构成如史华慈所说的“革命之谜”——近代以来中国激进主义的形成。 其实，定义谁是“革命”、谁是“反革命”的，不是某种绝对的真理，而是言说者背后的枪杆子。
这场争论的另一焦点是胡适要捍卫北大的地位与声望。当年，蔡元培辞职南下，不是因为学生运动和北洋政府的压力，乃是因为北大内部的权力斗争。蔡对北大始终有一股怨气。更何况如今蔡身为南京政府大学院院长（教育部长），当然要遵循国民党的党化教育政策并对全国教育资源作出重新分配。在这个新的格局中，北大的处境非常不利。胡适在北大的时间比蔡元培更久，对北大的感情更深，不愿看到北大被国民党人控制并沦为二流大学。早在五月二十一日，胡适在中央大学（原东南大学）宴请大学院委员会委员时，就“说了几句很不客气的话”，他回顾了五四时代北大与南京高师（东南大学前身）的对峙之后说：“今者北大同人，死者死、杀者杀、逃者逃，北大久不为北大；而南高经过东大时期而成中央大学，经费较北大多三倍有馀，人才更爲济济。我希望中央大学同人担北大所负之责，激烈的谋文化革新，爲全国文化重心。”有心人可听出其絃外之音，胡适对心爱的北大的边缘化不无怨言。而持文化保守主义立场的中央大学，迎来政治上更为保守的戴季陶当校长，又岂能突然之间转型为“文化革新”之先锋？
此时，主持南京政府教育政策的，表面上看是蔡元培，但掌握实权的是蒋介石的文胆、中央大学校长戴季陶。一九二七年，戴季陶大多数时间都爲病魔所缠，他撰写了新书《青年之路》，侧重于论述如何建立一个强大、正统而且以三民主义和中国传统道德爲基准的国民党思想体系，也强调务必製定遏制学生运动的新政策。蒋介石吸收了戴季陶的思想，于一九二七年十二月十四日，以国民党军委主席的名义发佈命令，即刻停止一切群众运动，包括学生运动在内，学术之外的各级学生组织一概解散。
国民党的党化教育的重要内容，是在学校中开展军训。在讨论学生军训法案时，胡适提出增加“有正当主张不愿加入者”可不军训的内容，因为“爱国固重要，但个人自由亦不宜太抹杀”。但代表军方出席会议的何应钦则“对良心上的自由，全不承认”，认为“中国人自由太多，须加严格训练”。中国人自由太多、一盘散沙，这是孙文的看法。何的这一席话体现了“马上打天下”的国民党军人对孙文建国理论中“训政时期”的理解。 此刻真个是秀才遇到兵、有理说不清。
胡适当然不接受国民党对他的“反革命”的命名，更不能对国民党的党化教育屈服。他向蔡元培提出辞职并自称：“我虽没有党派，却不能不分是非。我看不惯这种只认朋友，不问是非的行为，故决计避去了。”胡适先后五次提出辞呈，蔡元培只好同意。
胡适对南京的观感不佳，“上焉者日日开会，下焉者分赃吃饭”，他听说宋子文、孔祥熙辈“结伙卖缺”，更是深恶痛绝。他看到国民党从学习西方的典范变为与明末的复社相类的传统中国式组织，对其前景日渐悲观，既然“中国人不能组织大规模的事业”，那么“政党是大规模的组织，需要服从与纪律，故旧式政党（如复社）与新式政党如国民党都不能维持下去”。 国民党在中国大陆维持的时间仅二十二年，若以朝代算，跟短命的秦、隋两朝差不多。
当全盘西化论者遇到儒教加法西斯的国民党
一九二九年，国民党宣传部长叶楚伧说：“中国本来是一个美德构成的黄金世界。”国民党刚刚统一中国，就开始了一系列保守的压制政策以巩固权力，严厉推行党的信条进行思想钳制，怀疑并排斥思想上当持不同政见者。党控制的报纸和官方文件都使用文言文，电报也一样。
于是，胡适猛烈批评国民党，因为它在寻求一种意识形态时正在日益表现出对于“新文化”的敌意。国民党一天天地转向一种保守的文化，并把它作为其世界观，重新肯定深埋在中国的思想和社会传统中的儒家观念。一九三四年，当国民党人开创了他们满怀希望的“新生活运动”并再度实行官方的孔子诞辰纪念时，儒家社会价值的复活得到正式承认。但这种向过去运动的倾向，在二十年代后期蒋介石和其他国民党领导人的公开讲话中已明显地表现出来。
胡适捕捉到了这些重要的信息。从一九二七年开始，胡适成为国民党组织和国家权力支持的保守主义的痛苦而孤独的抗议者、反对者。这种保守主义在广大学生和新文化的领袖中没有什么影响，却是令人生畏、不可挑战的。胡适与之对抗，宛如蚂蚁对抗大象，但这足以让国民党如坐针毡，因为“作为对一个暴虐的政府意识形态基础的破坏，也就大致相当于对政府本身的直接否定”。
胡适与蒋介石及国民党的关系，正如中央研究院在胡适纪念馆举办的一次特展的名称所说——「道不同而相为谋」。在抗战期间，胡适勉强出任中国驻美大使，不是支持国民党，乃是支持中国这个仍未成型的民族国家对抗日本侵略，“国家是青山，青山倒了，我们的子子孙孙都得做奴隶了”。但他从来没有兴趣加入国民党，也对蒋介石一度希望他做虚位总统或行政院长的探试毫不动心。胡适晚年从美国回到国民党佔据的台湾并批判共产党在中国大陆的暴政，只是在“坏”与“次坏”之间选择“次坏”罢了。
一九五八年四月，胡适结束在美国九年的旅居生涯回到台湾就任中央研究院院长。四月十日，蒋介石亲临就职典礼并致辞，声称中央研究院这一全国学术之最高研究机构「应担负起复兴民族文化之艰巨任务。目前大家共同努力的唯一工作目标，为早日完成反共抗俄使命……希望今后学术研究，亦能配合此一工作来求其发展。”蒋在讲到胡适“最令人敬佩者即为其个人之高尚品德”后，话锋一转，再度将学术研究与政治联系起来，谓：五四运动造成共产党坐大，最后政府只好退来台湾。……今日大陆上共匪以仇恨与暴力，为其一切倒行逆施之出发点，其目的在消灭我国家之传统历史与文化，而其重点则为毁灭我民族固有之伦理与道德，因此胡适先生之思想及其个人之德性，均不容于共匪，而必须予以清算，即为共匪摧毁我国伦常道德之一例……
作为五四新文化运动发起者的胡适，不能接受蒋介石单方面将其“儒家化”的企图，更不能认同蒋介石提出的学术必须爲政治服务。在胡适回台湾前夕，国民党人炮製了一本《胡适与国运》，既无出版社，也无发行人，作者多匿名，偏偏在机关学校广为散发。其中有文章将胡适倡导的五四新文化运动当作导致国民党失去中国大陆的罪魁祸首，认为胡适推广白话文比之秦始皇焚书坑儒有过之而无不及（具有讽刺意味的是，这些批判文章乃是用白话文写成），甚至攻击说，“社会上的青年，到处实行家庭革命，手刃父母，兄妹结婚，倒戈叛上的种种作为，无非受胡博士思想解放的影响”。 胡适知道背后是蒋介石对他的警告。但他拒绝保持沉默。
等蒋介石致辞完毕，胡适直截了当地反驳说：「总统，你错了，五四运动是民国八年的事，共产党坐大，是十几年后的事，跟五四运动无关。……我们的任务，还不只是讲公德私德，所谓忠信孝悌、礼义廉耻……我们做的工作还是在学术上，我们要提倡学术。」
据当时在场的中央研究院青年学者李亦园回忆说：胡院长就职时蒋老总统特别亲自来了，来了之后还讲话，在他的讲话中不知为什么忽然说到共产党在大陆坐大可以说与五四运动的提倡自由主义不无关系，这样的说话对胡先生来说当然是非常尴尬的，因为五四运动跟他有密切的关系，他是重要的推动者。结果老总统讲完之后，胡先生站起来继续答话，他的答话让大家脸色都凝住了，他一开始就说：“总统你错了”，在当时那么威权的时代，他这样讲使全场的人脸色都变白了，气氛非常紧张，老总统却很有风度地主持完会议，只是在胡院长任内就未再来过南港了。这一件事，胡院长的表现可以说确实为中央研究院在追求学术自由与独立上树立了一个里程碑。
蒋保持礼节没再说话，但并非无话可说，而把话留在日记里。几十年后，蒋介石日记解密，有学者赴美特地抄录这一天的日记内容：“今天实为我平生所遭遇的第二次最大的横逆之来。第一次乃是民国十五年冬、十六年初在武汉受鲍尔廷（鲍罗廷）宴会中之侮辱。而今天在中央研究院听胡适就职典礼中之答拜的侮辱，亦可说是求全之毁，我不知其人之狂妄荒谬至此，真是一狂人。今后又增我一次交友不易之经验。而我轻交过誉，待人过厚，反为人所轻侮，应切戒之。惟仍恐其心理病态已深，不久于人世为虑也。十时，到南港中央研究院参加院长就职典礼，致辞约半小时，闻胡答辞为憾，但对其仍礼遇不予计较……因胡事终日抑郁，服药后方可安眠。”
蒋介石将胡适对他的顶撞与三十多年前在武汉欢迎宴会上受鲍罗廷之羞辱相提并论，可见其反应之强烈。作为独裁者的蒋介石，长久以来习惯于颐指气使，尤其到了台湾、肃清反对派系之后，极少有人敢于“逆龙鳞”，突然遭到胡适“抢白”，自然气急败坏乃至夜不能寐。蒋臧否人物，单从他予对方的小恩小惠出发，而不衡量事件本身的是非对错，他生活在传统的农业社会，还未进入现代工业文明。
胡适与蒋介石的这次衝突，并非偶然事件。一九三一年三月十七日，蒋介石曾面告清华大学学生代表：“胡适系反党，不能派（当校长）。”胡适的反应只有一句话：“今天报载蒋介石给了我一个头衔。”蒋自己不曾意识到，他无意之间成了胡适自由主义精神的一面镜子，历史学家余英时指出：“胡适的自由主义立场是在一九二九年与执政国民党的激烈争执中才获得明确而具体的展现。一九三四年《独立评论》关于‘民主与独裁’的争论和一九四九年后台北《自由中国》上关于‘自由与容忍’的讨论，他所坚持的都是这一基本立场。”
胡适晚年最后一场论战，是对阵得到蒋介石资助的文化保守主义者群体。趁胡适生病住院之际，文化保守主义者徐复观发表文章攻击胡适是“不懂文学、不懂史学、不懂哲学、不懂中国的，不懂西方的，不懂过去的，更不懂现在的”的“七不懂”，甚至用若干污秽的语言辱骂胡适“向西方人卖俏，因为得点残羹冷炙，来维持早经摔到厕所裡去了的招牌，这未免太脸厚心黑了”。本来，文化保守主义或新儒家，可以跟自由主义和全盘西化论，在学术层面平等对话和讨论。但徐复观等人以“正统”爲标榜，气势汹汹地讨伐“异端”，却又借助权力之手，已然沦为国民党的文化打手，反过来印证了儒家从来是权力的帮凶。
一九六二年二月二十四日，胡适在中研院欢迎海外院士等酒会上发表最后一次讲话。他说：“我挨了四十年的骂，从来不生气，并且欢迎之至，因为这是代表了中国的言论自由和思想自由。”讲到此处情绪激动，心脏病发作，数分钟后仰身晕倒，再未醒来。
胡适的墓地设在南港中央研究院外面的小山坡上，墓志铭由胡适生前好友毛子水撰文：
这是胡适先生的墓，生于中华民国纪元前二十一年，卒于中华民国五十一年。这个为学术和文化的进步，为思想和言论的自由，为民族的尊荣，为人类的幸福而苦心焦思，敝精劳神以致身死的人，现在在这里安息了！我们相信形骸终要化灭，陵谷也会变易，但现在墓中这位哲人所给予世界的光明，将永远存在。
二十多年之后，台湾实现了胡适梦寐以求的、也是郑南榕用生命来捍卫的“百分之百的思想和言论的自由”；中国至今仍然身陷在极权主义的泥沼之中，人民不能享有“免于恐惧的自由”。而包括台湾在内的整个华人文化圈，迄今为止尚未摆脱儒家专制主义文化之阴影。一场新的文艺复兴、宗教改革与啓蒙运动，有待后人接棒前行。
