日本航空有许多乘客来自中国，但也有不少乘客来自台湾。
日本航空 (JAL)与全日本空输 (ANA)2家航空业者将台湾与香港显示为“中国台湾”或“中国香港”，一度宣称更正，却被发现只有局部更正，遭到台湾外交部抗议。
《日本经济新闻》报道，日本政府发言人菅义伟在记者会上说，政府当局介入民间企业的活动，要求他们符合特定政治立场，并不可取。
台湾媒体《自由时报》报道，现场日本媒体追问，美国政府通知其国内航空公司可以对中国政府的要求置之不理，日本政府是否会比照办理? 菅义伟表示外交细节不便对外说明，但是外务省中国课长已经对中国表示日方忧虑。
日本媒体NHK报道，日本航空与全日空表示，“为了让用户容易理解, 我们在本月12日开始，改变了‘台湾’在中国的网站上显示的名称。 我们正在确认台湾当局的意见。”
日本航空选择“中国大陆”地区，会显示“中国台湾”与“中国香港”。
只要选择的地区不是中国或香港，就会显示“台湾”或“香港”。
6月9日，日本航空与全日空两家公司在飞航图页上将台湾划为中国领土。“2020东京奥运台湾正名推进协议会”理事长永山英树对此表达抗议，呼吁日本民众向公司请愿。活动开始不到24小时之内，两家航空宣称已经更正，永山英树赞赏其作为。
岂料此事件并未落幕。永山英树发现，两家公司虽然对外宣称已经更正，却在“中国简体”或是“香港繁体”的网页中，仍然依循中国民航局的规定，在台湾与香港之前冠上“中国”二字。但若民众选择其他地区与语系就不会察觉: 如日本语、英语、德语等页面，显示的都是“台湾”或“香港”，没有冠上“中国”二字。
永山英树回应《德国之声》记者，将在网路上再次发动抗议活动，也呼吁台湾民众打电话给客服表达不满。未来不排除直接前往公司要求回应，或是上街抗议。
台湾外交部则表示，已经指示驻日本代表处向两家航空公司表达严正抗议，要求更正不当称谓。国安会秘书长李大维接受《金融时报》采访时表示，会告诉民众“那些是屈服于中国的航空公司，你们可以选择(是否搭乘)。”
发函要求44家航空公司整改
4月25日，中国民航局发函给全世界44家航空公司，要求网页上台湾、香港、澳门须列为中国领土，否则即是违反中国法律并且违背“一个中国”政策，须加以惩处。
美国白宫批评，中国施压外国航空公司禁止把台湾、香港跟澳门列为独立国家的行为是“奥维尔式胡言乱语”。
至今已经有诸多航空公司决定顺应中国的做法，包括加拿大航空、澳大利亚航空、土耳其航空、阿联酋航空。
中国民用航空局网站写道，截至5月25日，44家外国航空公司中已有18家完成了整改，26家因技术原因申请延期并承诺整改。承诺整改完成时间最早为5月28日，最晚为7月25日，中国民航局已复函同意。
