清廷“预备立宪”的第一道作业是官制改革，这在1906年9月1日的光绪诏书中说得明确：“以预备立宪基础”“必从官制入手”。这样的思路主要来自那些考政大臣。光绪诏书前一周（8月25日），戴鸿慈、端方等上奏，不但建议“以十五年或二十年为实行立宪之期”，而且参照日本立宪以前的两次大改官制，“即求其可以为我法者”。因为“日本之仿效欧西，事事为我先导……。中国今日欲加改革，其情势与日本当日正复相似，故于各国得一借镜之资，实不啻于日本得一前车之鉴。”这一思路主导了预备立宪中的官制改革。
光绪诏书次日，又下诏钦定以载泽为首的官制改革班子，9月4日在圆明园召集第一次会议，6日于恭王府朗润园成立了编制馆，着手编订改制方案。11月2日方案拿出，6日由朝廷下谕裁定。前后两个月，中央政府官制改革便告一段落。以新编的官制与旧有相较，除名目有所改变，机构有些并撤，基本上一仍旧贯。观其大体，不能不说这是一次失败的政改。
官制改革遭遇阻力
起初，在载泽的上奏中，新的官制编纂有五条基本原则，首条为“此次厘定官制，遵旨为立宪预备，应参仿君主立宪国官制厘定”；然而下面很快出现了但书。这是后面第三条：“立宪国通例，俱分立法行政司法为三权，……现在议院遽难成立，先从行政司法厘定”。这一条实际上和第一条冲抵。本来在梁启超等人的立宪思路中有两点很明确：立宪法和开议会。议会不开无以谈政改，但既然号称预备，也有暂时不开议会的理由。因而这次改革注定不是政治改革，而是无以促动其制度基础的行政改革。后来改革的焦点果然也集中在行政上，它几乎成为权力者之间重新洗牌的机会，却并无分解权力和限制权力的宪政内容可言。
这次行政改革是旧部换新名，现有机构增的增，并的并，裁的裁，撤的撤，但俱以成立责任内阁为中心。这里不否定政府机构换名的意义，至少在换名的背后有一种新的价值认知。比如这次官改参照的就是8月25日戴鸿慈和端方的提案。他们建议原有的刑部改为法部，其说辞是这样：“司法实兼民事刑事二者，其职在保人民之权利，正国家之纪纲，不以肃杀为功，而以宽仁为用。徒命曰刑，于义尚多偏激，臣等以为宜改名曰法部。”
这不仅是改了个名字而已，而是认知发生了根本的转变。中国古代法家一向认为法是帝王统治之具，所以韩非有“杀戮之谓刑”之说。至于认为法律是用来“保人民之权利”的，这是法的现代观念，来自英美，端方等高官在那时即能如此体认并推行，实为可嘉。遗憾在于，该奏折在论法部时虽然强调“司法之权，各国本皆独立。中国急应取法。所有各省执法司、各级裁判所及监狱之监督，皆为本部分支，必须层层独立，然后始为实行。”
然而，这一遗憾竟然成为百年历史的遗憾了，该普世通例不但未能行之于今；即以当时而论，官制改革虽然将刑部改为法部，但它没有从行政中独立出来，依然是传统内阁中的一个部（虽然声称“不为所节制”）。上此奏折的戴鸿慈恰恰被任命为第一任法部尚书，不知他转接此任时该作何想。
没有议会权力可言，司法最终还是隶属行政，宪政三权，这里要改革的就剩下行政权了，责任内阁的问题于是被突出。就清末吏治而言，行政改革也自有其意义。庆亲王奕劻是这次官改的总司核定大臣之一，官制方案出炉后，他在11月2日上呈该方案的奏疏中，力陈朝廷“职任不明”之病：“今则一堂而设有六官，是数人共一职也，其半为冗员可知；一人而历官各部，是一人更数职也，其必无专长可见。”这就必然要裁撤官员，众多官员也就必然要大喊“谁动了我的奶酪”。
这一幕就像当年戊戌维新时的行政改革，许多官员跑向慈禧那里哭诉，最终慈禧以杀人方式中断维新，并亲自出来训政。但这次不同，慈禧是同意预备立宪的，她不会停下自己认可的方案。饶是如此，依然有人围住慈禧，不独群臣，包括宗室王公、将军等，甚至太监（传言要撤掉内务府和太监）。慈禧一度困扰不堪，据说她对左右人诉苦：“我如此为难，真不如跳湖而死”。如果我们打开中华书局出版的《清末筹备立宪档案史料》，从长长的目录中，就不难看到那些御史或翰林们的反对意见。什么“官制不必多所更张”“请勿轻拟裁员”新制“多有未妥”“不可轻弃旧章”“内阁流弊太多”“不可轻改官制”等。从表面上看，改革的阻力是很大的。不仅是裁员，意见更多集中在责任内阁上。
中央官制，改而未革
什么是责任内阁，这是君主立宪国家的最高行政机构，这次改革，就是要撤销满清以来的军机处和早已名存实亡的内阁，重新组阁，并推选出国务总理和副总理，并由其代皇帝负责全国政务，举凡国家一切行政，俱由此出。看来这是效法欧西，但这次政改推出的内阁，却别有心机。这里可以参看当时随同端方等出洋考察的丁士源《梅楞章京笔记》，由奕劻召集“在朗润园开宪政会议，五大臣均各有所见，而袁则唯张一麐、梁士诒等为其谋划，故于会议席上，袁往往发自相矛盾之言。”
本来主持官改方案的是载泽，但实际却操纵在袁世凯手里，张一麐就是袁的心腹幕僚，也是这次钦定官制改革方案的起草人之一。当时身为练兵处法律科监督的丁士源，因事需请庆亲王核定，至庆邸，“庆问此数日中会议宪政，闹得乌烟瘴气，汝系攻英国法律者，英国责任内阁之意义，汝不妨一述。丁曰：英国之责任内阁，其宪法之要点，国王无过，有过亦由大臣负责……。庆曰：余明了矣。”然后让他去另一核定大臣瞿鸿禨那里，“瞿之问题与庆相似，丁答亦与答庆同，唯更较详晰而已。瞿对此事，甚为缄默，故外人未知之也。”
严格地说，丁的回答是有问题的。为了劝喻皇帝放权，这样泛泛而论可以。但英伦的责任内阁，其所负责的对象不是英王，而是议院。内阁由议会中的执政党组成，它如果得不到议会的信任则必须解散。所以责任内阁是和议会相伴而生的。但清末这次官制改革，由于议会搁置不论，如果再孤立谈责任内阁，就有人想在其中浑水摸鱼了。这个人就是袁世凯。袁既操纵官制编订，又让人上书保奏奕劻为国务总理，自己为副总理。
奕劻早已为袁世凯用钱买通并为其利用，这是世人皆知的秘密。此刻在没有议院的情况下，责任内阁代皇帝负责，其实就是让皇帝把权力交到自己手里。对袁来说，他还有一个当时人都知道的隐衷，那就是戊戌维新时他出卖过光绪，现在慈禧已届垂老，生死朝夕莫定。一旦光绪亲政，自己性命难保。因此，热衷责任内阁，其实就是提前转移权力，为自己预留退路。
这一点，那些御史们看得很清楚。因此，在众多的反对意见中，有些意见固然出于冥顽不化的保守派；但必须注意，有些意见反而是深明立宪之奥，方才反对遽开责任内阁。当时有位御史赵炳麟一周内连续两次上书，前一折云：“民智未开，下议院一时未能成立，则无以为行政之监督，一切大权皆授诸二三大臣之手，内而各部，外而诸省，皆二三大臣之党羽布置要区”，如此这般，设若以前是君主专制，现在反而成了“大臣专制”了。第二折中，对这种大臣专制做了更具体的剖析。他举的例子是内阁中的法制局，由该局拟定的行政法规草案既未经议会议决，也不交议会协议，“是立法行政直出一人”。即使要交付公议，按拟定的内阁官制条目，“开阁议决之，以总理大臣为议长”。
这位御史看到的问题很严重：“夫提出法律草案交集议院公议者内阁也，经集议院公议后而操决议之权者仍内阁也，其居议长之席者则内阁总理大臣也。自行交议，又自行议决，而自作议长，是总理大臣非特上对君上代负行政之全权，并下代议院兼操立法之实际，而集议院徒作赘疣，甚或资为政府之傀儡。操立法行政两大权，则司法之权可不言自在其中。”这种政改，不是三权分立而是三权合一。更何况这种“政柄之倒持、权臣之专国”的大臣集权，不独满清未有，亦自周秦以来三千年所未有。不独中国没有，即使维新后的日本也没有，更无论欧美。当然，看出问题的不仅是一些御史们。
军机大臣瞿鸿禨在听了丁士源解说英国责任内阁后，缄默不语，那不是他反对宪政，而是不肯附和奕、袁。他很清楚对方热衷责任内阁的机心，并且据近人刘厚生在《张謇传记》中的研究，他在慈禧那里也做了中止责任内阁的工作。何况慈禧一生好权，又对权力敏感，她岂不担心皇权旁落。结果，11月6日光绪诏下，“明白宣喻”：“内阁军机处一切规制，着照旧行”，亦即维持原来格局不变。扰攘两个多月的中央官制改革，大体落下帷幕。
这次预备立宪，从政治改革蜕变为行政改革，结果行政改革又是改而未革。宪政的要义是分权，朝廷要的是集权（所谓“大权统于朝廷”）。且不说该集权是在君主之手，还是权臣之手，俱与宪政无关。就宪政而言，分权首在议会，而议会又需两党，这放在当时，确实不够条件。因此，预备立宪以改革中央官制为首要，看来没有必要。即使盯住官制，那也是地方而非中央，不少官员的奏折都提及这一点，建议官改从地方自治开始。然而，清廷官改效法的是日本，这本来就是一个错误的学习对象。当初载泽到伦敦时，给其上课的政治老师传经授宝：“夫伦敦地方自治，为英国宪法之起点。英之宪法，先于各国。其地方自治，又为各国所推崇取法者。”政治改革，意图可以自上而下，作法却应自下而上。尤其议院与选举有关，只有先经地方选举的训练，才能往上不出乱子。措手地方自治，含义正在于此。好在群臣有奏，在中央体制改革浮皮潦草的情况下，清廷接着就准备尝试地方了。
