据内地微博及香港传媒综合报道，为了配合北京水灾的舆论引导指示，《南方周末》和《南方都市报》12个版面遭到当局“枪毙”。据报道称，当局在付印前下令撤换了上述刊物一共12个精心编制的版面，有官员甚至强行要求《南周》换上歌颂水灾殉职官员的报道，但被编辑记者反抗，部分被撤换的版面改以公益广告填补。
据香港苹果日报报道，曾在南方报系工作的知名记者龚晓跃以及其他多个媒体人士26日在微博上透露，《南周》原本对北京水灾编制了8个版面，25日交付印前，却被「北方派过来的大腿和南方某些有抱大腿恶习的细胳膊」下令撤稿，主管社委苦求未果。媒体人士还透露，同属南方报系的《南都》，也有4个有关北京水灾的专版报道被下令撤稿，换上该报的公益广告出街。
据了解，两份刊物的报道都以深入介绍水灾遇难者个人故事作为重点，弥漫一股悲情但却又充满人性的报道，但因此而有违北京官方的指示，令当局不满。例如南周其中一篇报道题目为《你的名字，你的故事》，内容介绍了在水灾中死去的25个人的故事，包括开车经广渠门桥下被水浸三个钟失救溺死的丁志健；到北京打工刚半个月的安徽男子骆金；被倒塌的仓库屋顶砸死的张锦祥兄弟等。
而南都报道的故事则包括女子石珊珊给老公发短讯「我抓到一棵树了你别着急」，以及郑冬洁在京港澳高速发短讯「老公来救我吧」，但两人最终都失救等。这些报道绝大部份个案其他媒体也有报道。
当局不但将原先制作好的版面撤换，有关官员而且更要求南周把内容换上报道水灾中殉职的五名地方官，并钦定「英雄」两字作标题，但其无理要求遭编辑记者抗议，官员未能得逞。南周26日有关水灾的B叠第一至第八版面，因此全部遭到抽起。
南周记者张育群在微博上哀叹：「北京7个同事，跑了2000公里，采访了20多个死难者家属。早上醒来看到（抽稿）消息。我只想说2000遍：草尼玛！」龚晓跃也骂：「你们（官员）怎么那么不要脸？我们怎么这么容易被欺负？！」南周编辑张华也指：「再这样下去，可以休刊了。」
不久前广东省委宣传部换马，由北京空降新华社副社长庹震出任，他宣布南周、南都等的签发权收归省委宣传部。
