1月下旬，香港《南华早报》曾报道说，在事件中扮演不光彩角色受到一线员工抵制的总编辑黄灿将离职，为此前的风波承担责任，但此后，这一安抚罢工的临时妥协并未实行，黄灿继续留任。
上周四下午，南方周末召开中层会议，会上宣布了新的人事调整方案。《南方周末》现任总编辑黄灿升任南方周末报系总裁，据说还将出任南方周末党委书记。原南方日报报业集团办公室主任王巍接替黄灿成为《南方周末》总编辑。
黄灿本职是南方周末母报南方日报的社委，兼任南周总编辑。南周老编辑鄢烈山曾对本台介绍，王更辉原是以集团副总编辑分管《南周》报系总编辑分管《南周》报系；王更辉算是黄灿的顶头上司，《南周》终审定稿权循例应该属于王更辉，但以前王更辉不想管太多，把《南周》终审权授予了黄灿。
之前王更辉已升任《南方日报》社总编辑，成了正厅级，不再分管南方周末。此次黄灿升任新设的南周报系总裁职务后，很可能加上南方日报社的副总编辑职务。此外，有业界人士猜测，南周年初参与抗争的部分中层将陆续被清洗。
据搜狐传媒的报道，在此之前，《南方周末》北京站等已经完成调整，原《南方日报》要闻部副主任王溪勇接任《南方周末》副总编兼《南方周末》北京区域中心主任，原北京区域中心主任邓科辞职。搜狐传媒的报道刊发后很快被宣传部门下令删除，这也从侧面印证了南周事件的高度敏感。
黄灿大学毕业后在《南方周末》工作两年后调任《南方日报》任港澳台版面责任编辑。十多年后的2011年，黄灿以南方报业集团的社委的身份重回《南方周末》，但风评甚差，在南周事件中，黄灿更是直接成为宣传部门的黑手。
年初的《南方周末》新年献词事件，很大程度上贯穿了今年中共所谓意识形态斗争的主线。
2012年12月初，《南方周末》编辑部开始讨论2013新年特刊并初步决定主题为“过河”。该方案上报总编辑黄灿后未得回应。12月中旬，黄灿提议以“中国梦”作为新年特刊关键词。12月23日晚，南方周末编辑部经讨论完成初步文案，形成送审初稿《中国梦，宪政梦》。
12月24日下午，黄灿要求编辑部递交策划文案送广东省委宣传部审阅。12月26日，黄灿回应编辑部省宣对文案的第一次意见：“中国夙梦”部分不许提毛泽东等；历史上的法治人物要求替换、缩减。“梦想照进现实”板块人物，被删除三个：任建宇、反日中的理性爱国者、钱理群。
12月29日，南方周末的评论员戴志勇撰写了题为《中国梦、宪政梦》的新年献辞稿，并交给黄灿。次日下午黄灿表示对此稿很不满意：“改了开头部分，就改不下去了。现在这个版本，都不敢往上送，会让省宣把整个特刊毙掉。”并认为原因是过多提及宪政。
几经修改后送审的版本进一步压缩了对有关宪政和权利的阐述，最后，在已经完成全部编辑工作后，仍然被广东省委宣传部副部长杨健下令删改，未经编辑之手，南方周末总编辑黄灿和伍小峰在出版室临时加班修改，将“家国梦”改为“追梦”。
从意识形态争夺的角度，这个新年献词的制作流程，或者可以理解为自由派对“中国梦”这一习近平提出的宏大又相对模糊中性的政治愿景的阐释的争夺，但从自由派的角度，未尝不是一种公开的进谏与诉求表达。
但最终官方对“宪政”，这一自由派对“中国梦”一厢情愿阐释进行了彻底否定和无情嘲讽，这一态度在，尤其是中办九号文，以及习近平的819讲话中展露无遗。
中共中央办公厅九号文中，对宪政思潮的说法是，一些人还用“宪政梦”歪曲民族复兴中国梦，称“宪政民主是唯一出路”。宣扬西方宪政民主的要害，在于以西方宪政民主否定党的领导，实质是要最终实现改旗易帜，把西方政治制度模式搬到中国。
除了内部文件外，很大程度上，最近几个月官方媒体的反宪政宣传，正式在批判和反击南周为代表的改革派的宪政诉求。
南周事件后，刘云山在年初全国宣传部长会议上对其做了措辞强硬的定性，如南周事件是境内外反华势力勾结，是对“党管媒体”原则的挑战，企图打开对中国意识形态渗透的突破口等。
根据刘云山的说法，“新闻媒体同武装力量、政法力量一样，是执政力量，必须掌握在党手里，苏联垮台、东欧解体就是因为放弃了党管媒体的原则，对这个问题一定要有高度自信、高度自觉和高度清醒”。
南方报业内部人士透露，全国宣传部长会议上，中宣部常务副部长雒树刚讲话，对“南方周末新年献词事件”的后续处理提出了明确说法。
雒树刚说，南周事件的教训是坚持党管媒体的原则不动摇，要把新闻媒体领导班子建设摆到更加重要的位置，确保新闻媒体领导权始终掌握在“与党中央保持一致”的人手里；还要加大新闻队伍教育培训力度，强化中国特色社会主义、马克思主义新闻观教育，自觉遵守政治纪律、宣传纪律。
此外，雒树刚还要求，进一步提升网络管理水平，切实做好网络意见领袖团结争取工作，切实加强微博管理；加强对出问题报刊的管理，落实谁主管谁负责和属地冠以原则，进一步加强对这些报刊的管理。
这些杀气腾腾的说法，早已暗示了黄灿高升，参与抗争的南周中高层员工陆续将被清洗的结局。对黄灿的高升，一位南方周末的记者说，“这是早就知道的事，只是没有想过是这种升法。每个社团当然要重用他们忠诚的干部，不然谁卖命，这还用问吗？”
8月19日，中共新任总书记习近平发表了“意识形态工作是党的一项极端重要的工作”的强硬讲话，许多国师派公知们之前多次声言，对最近的反宪政鼓噪，习事前不知情也不赞同，习的明确表态，让他们愕然无语。
月底，中宣部的《党建》杂志刊发了全国31名省委宣传部长“学习”习近平讲话的表态。
南周事件的始作俑者广东省委宣传部长庹震扬眉吐气，庹震讲话中罕见地说，广东地处改革开放和意识形态斗争“两个前沿”。
显然，在年初指名道姓被要求下台的尴尬期过去后，庹震已得到最高层尚方宝剑的支持，庹震对对南方周末为代表的南方系媒体的秋后算账不会手软。
如刘云山所说的，“宣传部长要把50%的精力放在管舆论，管导向上。”打压南方报业的自由派倾向，或将是庹震仕途的主要工作和政绩。
