刘本琦于2012年7月18日中午,被青海省格尔木市数名国保带走。7月19日下午3点,通过刘本琦前妻刘英多方了解,获知刘本琦已于7月18日被格尔木市公安局以“涉嫌以造谣、诽谤或者其他方式煽动颠覆国家政权、推翻社会主义制度”的罪名刑事拘留,羁押在格尔木市看守所。直到2013年6月5日开庭,最后到2014年元月23日宣判。刘本琦的妻子刘英也因为向外界透露刘本琦被羁押情况,而被青海当局劳教一年。
据今天早上维权人士秦永敏说,刘英于昨天晚上联系了他,告知他刘英前往格尔木会见刘本琦情况:“2014年2月7日是刘本琦和刘英的儿子刘家瑞的生日,也是刘本琦一年半以来头一次见到儿子的日子。由于已经被判刑并且准备送去执行,格尔木看守所通知刘英母子前往看守所会见了刘本琦”。从会见中了解到刘本琦可能将天元宵节前要送往900多公里外的西宁监狱服刑。会见是在大批狱吏监视情况下进行了短短的15分钟。