唐绪军25日在发表《新媒体蓝皮书》的记者会上被问及社科院遭渗透一事，他说，中纪委的说法来自其中一个研究所的内部讲话，被媒体放大和炒作。他承认，社科院数年前确有研究员被外国势力渗透，以社科院的偌大团队，不排除将来仍会有敌对势力渗透该院的研究人员，但强调，社科院肯定不是被大面积渗透，研究工作亦不受影响。

中国传媒早前广泛引述中纪委驻院纪检组组长张英伟的讲话指，社科院的意识形态，存在「每逢敏感时期，进行不法的勾连活动」，以及「接受境外势力点对点渗透」等问题，有关稿件其后被撤。

而在《新媒体蓝皮书》中，社科院形容现时中国网络舆情明显失衡，指中国一些部门因为怕「雷言雷语」惹祸上身，以偏概全地把视网民为洪水猛兽；个别官员又只会对舆论「打、压、瞒」，利用公权蛮横地从网上删帖或隐瞒事实，编造官谣。蓝皮书指，这不但不能降低舆论热度，反而令危机深化，损害政府公信力。唐绪军建议，需提高各级领导对互联网的适应。

蓝皮书又指出，与美国等发达国家相比，中国网络安全形势不容乐观，未来五至十年应规划防御性战略，提升应对能力，扭转战略上的被动局面。