民进党内定的准行政院发言人童振源宣布，台湾将指派准卫生福利部部长林奏延率团，参与五月廿三日在日内瓦举行的第六十九届世卫大会（WHA）。至于世界卫生组织（WHO）秘书处发给台湾的邀请函中，提到的联合国2758号决议文及一中原则，民进党则草拟了一份回函，要求台湾官方的卫生福利在报名同时，向WHO抗议。

马英九执政到现在，台湾已经连续七年参加WHA，但今年收到的邀请函和过去不同，加注了一段话是「回顾联合国大会2758号决议及世界卫生大会25.1号决议，依据其中所叙述的一中原则，邀请参与第69届世界卫生大会」。

由于本届世界卫生大会在蔡英文520上台后第三天即将召开，届时肯定是由民进党新政府的官员率团出席，因此民进党这两天密集会商因应对策，最后决定参加，但将向WHO抗议。

针对WHO的邀请函附加了条件，民进党公布四项声明：一、健康是基本人权、普世价值，绝不能以任何政治框架限缩；二、世界卫生组织来函，以联合国2758号决议文为基础的「一中原则」，和台湾参与世卫大会并无关联；三、台湾会继续参与世卫大会及相关会议，但参与不代表接受世卫秘书处上述立场；四、要求政府继续交涉。

另针对中国国台办发言人宣称台湾参与ＷＨＡ「是在一个中国原则下所做的安排」，准行政院发言人童振源批评说，这是以政治力干预台湾对世卫组织之参与，台湾无法接受，并表达严正抗议。