当地时间2月6日夜晚11点50分前后，以台湾东部花莲县花莲市以北约22公里处为震源发生了里氏6.4级地震,为此，日本首相官邸2月8日在官网上刊登了安倍向蔡英文发出的慰问信，慰问信中写道：“蔡英文总统阁下，接获此次台湾东部发生大地震，造成重大损害的消息，感到万分痛心。在此向罹难者表示深切的哀悼，并向受灾各位表示衷心的慰问。
东日本大地震时，日本得到长年以来的朋友-台湾各位热情的帮助，日本国民直到现在仍记忆犹新。在台湾面临困难的时刻，日本愿协助台湾，提供一切必要的支援。目前已派遣警察、消防等专业团队，以全力协助搜索及救助工作。”
而蔡英文办公室发言人黄重谚在2月8日对大陆和美日等的关切表示感谢，却婉拒大陆等派员救灾。台当局声称，唯一例外是日本，台当局同意请日本协助，是因为“日本有高阶探测仪”–电磁波人命探查装置（LS-RR03），但是中国有媒体称这种仪器大陆也有。
由于安倍使用了“蔡英文总统阁下”这一称呼，2月9日，在中国外交部发言人耿爽主持的例行记者会上，有记者问：我们注意到，日前，台湾花莲发生地震后，日本个别高层政要向台湾方面表达慰问，但却公然使用台所谓的“官方职务”称呼台当局官员。中方对此有何评论？是否已经向日方提出交涉？
耿爽回答说：台湾花莲发生强烈地震后，大陆各界十分关心。国台办主任张志军已向花莲地震灾区同胞表达慰问，并表示愿派救援队赴台救灾，及时提供各方面必要协助。
我愿强调的是，日方借赈灾慰问之名在国际上公然制造“一中一台”，有关做法违背了一个中国原则，违背了日方在台湾问题上所作承诺，中方对此极为不满，并已向日方提出严正交涉。
我们敦促日方切实恪守中日四个政治文件确定的原则，立即纠正错误做法，不要给中日关系制造新的干扰。
为此，在日本首相官邸的官网上，在9号就删除了“蔡英文总统阁下”的字样。
但是安倍依旧和蔡英文在推特网上进行了“首脑外交”。安倍在官邸官方推特上发文对灾民表示慰问并表明将提供援助，对此蔡英文用日语转发，称“患难见真情，确实如此”等表达谢意。安倍9日在自己的帐号上对此用日语和中文转发时称：“日本此时此刻，与你们同在”。
日本、大陆、台湾有关救灾问题的恩恩怨怨由来已久。
2011年3月11日，日本发生东日本大地震，台湾民众纷纷举行了捐款活动，台湾所捐款项达到100亿日元，成为海外各国和地区中最高的捐款金额。
但是，当时的民主党政权顾及到与中国的关系，在2011年的感谢各国的广告宣传中，并没有在台湾刊出日本政府的感谢广告。2012年3月11日，日本政府主办东日本大地震一周年纪念仪式，台北驻日本经济文化代表处副代表罗坤灿，在出席大会的时候遭到了冷落，没有获得日本政府有关部门的“外交使节”待遇，更没有获得作为外交官的献花的机会，而是被安排在二楼的座席，与一般的企业人士在一起。此事被自民党议员披露后，当时的日本首相野田佳彦表示道歉。
中国2012年出席了当年日本政府的“3·11”纪念仪式，但2013年，新上任的安倍政府以“捐款最多”为由将台湾列入只有主权国家和国际机构才可参加的“指名鲜花”环节，引发中方不满，中国方面拒绝参加，以后再也没有参加每年举办的此纪念仪式。
