达赖喇嘛一直致力于恢复西藏和蒙古的传统佛教关系（达赖喇嘛2006年访问蒙古在乌兰巴托对学生作讲座）
流亡的西藏精神领袖达赖喇嘛前不久在接受BBC采访时又谈到他的转世继承问题，达赖喇嘛说，转世制度是在封建制度下形成的旧思维，已经过时。他本人支持民主制度。达赖喇嘛在2011年就表示，为了顺应世界民主发展趋势，要终止持续了300多年的达赖喇嘛转世制度。
多年来流亡在印度的达赖喇嘛一再提到终止达赖喇嘛转世制度已经令中国不满。据中国媒体报道，中国全国政协民族和宗教委员会主任朱维群从2014年起每年都在全国“两会”期间点名指责达赖喇嘛的名字，说他在转世及汉藏谈判等问题上“违法、忘本”。朱维群说，十四世达赖宣称不再转世、停止达赖喇嘛世系是“一种双重背叛”，即政治上背叛祖国，宗教上背叛达赖喇嘛世系。”
西藏政府主席白马赤林也在今年两会期间谴责达赖亵渎藏传佛教，说达赖喇嘛转世问题要“尊重中央政府的权力”，达赖喇嘛个人说了不算。
达赖喇嘛转世
不过在美国的西藏问题专家阿沛•晋美(西藏自治区人民政府主席，全国人大常委会副委员长，全国政协副主席阿沛•阿旺晋美之子)认为，达赖喇嘛不转世的可能性微乎其微。数百年来西藏的政教合一制度通过达赖喇嘛转世继承而延续，而内地的中国政权一直通过达赖喇嘛制度影响和控制西藏。
出于政治考量，主张无神论的中共政权坚持继续达赖喇嘛转世制度。另外，在藏传佛教中达赖喇嘛和班禅喇嘛互为师徒。班禅喇嘛在选择下一世达赖喇嘛的问题上有很大的发言权。而现在在北京的第十一世班禅喇嘛是由中国政府选定，自然给了中共在选择达赖喇嘛转世问题上一些程序上的优势。
由第十四世达赖喇嘛选择的灵童已经被中国方面控制，从公众视野中销声匿迹。据流亡美国的阿嘉活佛回忆，在1995年选择班禅转世灵童的“金瓶掣签”完全受中央政府的宗教机关的操纵。
阿沛•晋美分析说，达赖喇嘛方面担心未来达赖喇嘛转世会出现上述局面，这也就是达赖喇嘛同中国政府之间分歧的主要原因之一。但是他认为达赖喇嘛方面也没有确定一定要停止达赖喇嘛转世制度，另外突然终止持续了几百年的传统制度，藏人是否在心理上能够接受也是个问题。
四大活佛系统
其实按照历史传统需要中央政府认可的藏传佛教活佛转世并不止达赖喇嘛和班禅喇嘛。按清朝理藩部的有关规定，达赖喇嘛、班禅额尔德尼以及哲布尊丹巴呼图克图（呼图克图：转世活佛的蒙古语称号）转世后，朝廷派钦差大臣去当地出席坐床仪式予以承认。另有八名呼图克图在转世后进京受封。八名呼图克图之首是内蒙古的章嘉呼图克图。
关于达赖喇嘛转世和班禅喇嘛转世争议的报道不少，但是对于所谓黄教的四大活佛系统其他两位活佛的报道却不多。一般人都知道传统上达赖喇嘛主前藏，班禅喇嘛主后藏，但知道满清、民国时期，外蒙古和内蒙古分别有哲布尊丹巴呼图克图（呼图克图：转世活佛的蒙古语称号）和章嘉呼图克图两位宗教领袖的不多。
清政府推崇喇嘛教，优待活佛僧侣，鼓励出家，以此加强对蒙古和西藏的控制。五世达赖喇嘛受到顺治帝册封，康熙帝先后册封了一世哲布尊丹巴呼图克图、二世章嘉呼图克图。达赖喇嘛、班禅额尔德尼、哲布尊丹巴呼图克图与章嘉呼图克图一般被称为藏传佛教格鲁派四大活佛。
章嘉活佛作为内蒙古藏传佛教的最高领袖曾被康熙封为“‘灌顶普善广慈大国师”，后来的章嘉还被任命为驻京喇嘛和大国师。满清灭亡后，七世章嘉呼图克图积极赞成共和，并劝内蒙王公放弃“独立”，因此被袁世凯封为“灌顶普善广慈宏济光明大国师”。
内外蒙古活佛
1911年在满清帝国摇摇欲坠时在外蒙古的第八世哲布尊丹巴呼图克图同年底宣布外蒙古独立，立蒙古国并自任可汗。七世章嘉呼图克图曾多次致函八世哲布尊丹巴，规劝他放弃独立。4年后哲布尊丹巴为局势所迫，取消独立，被袁世凯封呼图克图汗。
1921年，蒙古人民革命党在苏联帮助下建立新政权，哲布尊丹巴被架空为立宪君主。1924年哲布尊丹巴圆寂后，人民革命党政府宣布不再寻找转世灵童，之后外蒙古改人民共和国，并限制宗教，禁止活佛转世。
哲布尊丹巴虽然是藏人，但却被许多蒙古民族主义者视为蒙古民族国家创立者和民族主义者。哲布尊丹巴圆寂后，僧人在藏区秘密寻访哲布尊丹巴的转世灵童，1936年确认了生于西康理塘的藏人儿童蒋巴南卓为哲布尊丹巴转世。
第九世哲布尊丹巴在1991年得到第十四世达赖喇嘛的正式确认，1999年他访问蒙古国，2012年在乌兰巴托圆寂。因为哲布尊丹巴在蒙古独立以及历史上的泛蒙古主义运动中的重要作用，哲布尊丹巴寻找转世灵童一直受到中国的关注。
第九世哲布尊丹巴有过交集的内蒙古人民党主席席海明说，第九世哲布尊丹巴的转世灵童已经在蒙古国找到。据席海明说，现在蒙古国已经通过法律承认了在蒙古国找到的蒙古族转世灵童为十世哲布尊丹巴。现在九世哲布尊丹巴的弟子和朋友正在蒙古指导这位转世灵童学习。
民国时代的七世章嘉呼图克图是当时四大活佛中介入中国政治最深的一位。当时的内蒙古东西部受不同的地方军阀势力主宰，令内蒙古传统的世俗政治秩序受到挤压。章嘉呼图克图在巩固其在内蒙古的宗教领袖地位过程中同国民政府处理边疆事务的蒙藏委员会发生冲突。
转世问题复杂化
当时的中央政府认为内蒙古的制度不同于西藏的政教合一，而且也不允许内蒙古出现一个统一的世俗领袖和宗教领袖，因此对章嘉活佛进行了压制和制裁。不过后来国民党政府又利用章嘉在内蒙古分化瓦解由德王领导的“高度自治”运动，章嘉呼图克图因此受到国民政府表彰，被封为“护国净觉辅教大师”。
七世章嘉于1957年在台北圆寂。据席海明先生说，章嘉呼图克图的继承者八世章嘉是位30多岁的成年人。历代章嘉转世都来自土族。土族在语言和民族上接近蒙古族，据说现在的八世章嘉也自视为蒙古人。
藏传佛教对蒙古地区的影响源远流长，达赖喇嘛不仅是西藏人的宗教领袖，而且在蒙古佛教中也具有至高无上的地位。第十四世达赖喇嘛1959流亡印度摆脱了中国控制，持续为西藏的民族主义和民族认同提供精神动力，保持了西藏问题经久存在。内蒙古和西藏、新疆一样是中国三个最大的少数民族自治区之一，同样也有境外流亡政治势力存在，境外蒙古系活佛转世及其影响也备受中国关注。
目前中国政府同达赖喇嘛方面的争议主要在达赖喇嘛和班禅喇嘛的转世，第九世哲布尊丹巴活佛似乎转世并没有成为争议。中国中央政府承认活佛转世的传统承自满清，历史上的满清皇帝被西藏认为是文殊师利菩萨化身，历史上的蒙古可汗被西藏人尊为金刚手菩萨的化身，西藏依附蒙古和满清的政治关系被披上了宗教面纱。中共政权主张无神论，只坚持西藏依附中央的政治传统和达赖喇嘛世系传统。
蒙古国自认为与民国同时从满清中分离，自然也继承了满清帝国的部分遗产。如果蒙古国立法承认哲布尊丹巴转世被理解作历史继承的权利，那么达赖喇嘛转世由蒙古国承认是否也能算沿袭清朝册封的传统呢？特别当十四世达赖喇嘛转世到了蒙古的情况出现，中国坚持的历史法理依据就变得更加复杂。
按照蒙古国的看法，他们的现代国家前身也是满清帝国，蒙古国与中华民国和中共政权历史上没有过隶属关系。而之前满清政权入关前同蒙古部落结盟时，皇太极就自称继承了蒙古汗统，作为蒙古诸部归附的法理依据。在此意义上讲，蒙古国的历史传承源自更早的蒙古政权和后来的清帝国。那么在继承册封藏传佛教活佛转世（包括达赖喇嘛）问题上，蒙古国是否至少有同样的权利呢？
