平壤4月19日宣布，将按计划发射首枚军事侦察卫星。不过一直对朝鲜导弹和核武威胁保持警惕的日本政府却认为，朝鲜是以发射军事侦察卫星为借口，试图再次进行远程导弹试射。日本防卫大臣滨田靖一4月22日向日本自卫队下达“准备指令”，这也是“击落指令”下达前的一道警戒措施。
日本自卫队也接获命令，出动地面部署的爱国者三型反导系统以及装备海基标准三型反导系统的宙斯盾驱逐舰执行相关的警戒和拦截任务。5月1日，日本自卫队又出动400多名相关人员，动用空自运输机、海自舰艇以及民船，协同运输各种装备，在西南诸岛的石垣岛和与那国岛部署了爱国者三型反导系统。
松野博一宣布继续在宫古岛增加部署爱国者三型导弹特别引起各方的关注，除了因为宫古水道是中国海军进出第一岛链的咽喉要道，必要时可以阻止解放军海军进入太平洋外，而且宫古岛距离台湾要比距离日本或朝鲜更近，一旦“台海有事”，日本可以“及时介入”。
台湾媒体报道说，与那国岛、石垣岛和宫古岛距离朝鲜2000公里，但是距离台湾仅在110公里至250公里之间，这些也是日本距离台湾最近的岛屿。因此，日本在宫古岛等地部署爱国者三型反导系统，名义上是“防备朝鲜导弹试射”，实际上仍然是“针对中国”。
爱国者三型导弹是美国雷神（Raytheon）公司研发的末端反导拦截系统，每辆发射车可以装备四组发射器，每组发射器配备四枚导弹，执行反导拦截作战时的有效射程最大可达20公里。日本此次在石垣岛、与那国岛继宫古岛上部署爱国者三型导弹之前，已经在这些岛上部署了12式反舰导弹和03式中程防空导弹。
民族主义倾向严重的党媒环球时报引述“军事专家”的分析认为，日本近年来一直在强化西南方向的军事介入能力，持续向西南诸岛增派战机和先进导弹，如今再加上爱国者三型反导系统，一旦“台湾有事”，日本就可以在第一时间启用这些介入台海的“桥头堡”。
“日本在西南诸岛上部署爱国者导弹显然与遥远的朝鲜半岛无关，它真正的目的是要在这些岛屿上部署防空和反舰导弹，为军事干预台湾问题作准备。所以这是针对中国极具挑衅性的措施，”魏东旭星期二对环球时报说。
魏东旭称，北京作为回应，应该进一步加强反外部势力介入的能力。
随着中国国力的上升和军力的扩充，解放军常常出动机舰在日本周边海空域进行巡逻和训练，迫使日本自卫队的机舰紧急出动进行监视与警戒。解放军海军舰艇更常常通过日本与那国岛与台湾之间的水道或冲绳岛与宫古岛之间的宫古水道进出太平洋，或在台湾周边水域进行警巡或演习。
日本加强在西南诸岛上的包括爱国者三型导弹在内的军力部署，既是自身防卫的需要，也是对解放军考虑及实施对台作战的一种威慑。
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