对于翻船的原因，目前，官方报道基本采用”突遇龙卷风发生翻沉”的说法。和以往发生重大事故和灾情时一样，此次客轮事故发生后，中宣部也要求各媒体一律采用新华社通稿，并要求各地不准派记者到现场采访，已派出的记者必须召回。但是，这一次，国家媒体也不得不面对社交媒体的挑战。到周三早上，微博上已经有4.85亿条有关此次沉船事件的消息和评论，其中包括许多批评性的声音，比如对交通部长杨传堂在新闻会上的亮相提出批评，认为他的态度像个冷冰冰的官僚。许多人也对沉船事件本身提出质疑，比如为何在屈指可数的获救者中就有船长和轮机长，”龙卷风”是不是造成东方之星倾覆的唯一原因，为什么当时在该水域航行的其它船只安然无恙等等。
中国某舰队一位退役的舰长苏某对于官方“龙卷风”一说不屑一顾：“有没有龙卷风存在关键要看当时当地的现场，龙卷风扫过的痕迹不是点状的而是宽阔的带状，如果真的发生过龙卷风，方圆几千米的地区无论是树木还是建筑都会有明显的损伤。但是，从官方提供的现场图片上根本看不出来当地出现龙卷风的迹象，不要说沿岸的树木，甚至柔弱的小草都安然无恙。”
现场图片左上角的树木是完整的
现场图片的左下角的草丛昂然挺立
无独有偶，新浪网《新闻极客》报道，中船708所游轮设计专家吴正廉表示，原则上说，大船不太会发生被风吹翻倒扣的情况。而博客“薛船长在上海”对于“龙卷风一说”更是嗤之以鼻：“我跑船时经历过17级大风，当时船做为国际气象组织的观测船，风速计是可靠的。2.4万吨的船，满载美国原木甲板装货9.5米高，美国开航前摇摆试验22秒，船是不摇的，但被吹歪过去6-7度。但凡翻沉的船，大多是开航时稳性不符合法定要求，或者货物移位，液化造成。满足稳性最低要求，只要货物不动，船就不会翻沉！这是几百年来用无数生命、事故换来的经验。说龙卷风把船刮沉，你信了，反正我不信。要刮沉也不会只刮沉一条，应是一片。说大雨把船打沉，我更不信，所有客轮的稳性能满足所有客人涌向游步甲板，或者所有客人涌向船的一侧时必须满足最低的稳性要求，那点雨算什么······”
至于翻船的原因究竟是什么？中共前舰长认为原因之一：“不排除夜航时操作人员精神疲倦导致的操作失误！船一转弯，船本身就会有一个横倾角，一般会倾斜到四五度的样子，如果这个时候来风，船可能一下子翻过去。所以，不排除船长操作失误将船的横面迎风导致倾覆的可能性。”
根据宝船网的AIS定位，”东方之星”在出事前的21点20分至21点31分时，曾有一个掉头的动作。
“这个动作是致命的！”前舰长告诉博迅记者。
原因之二，前舰长认为：“不排除船的设计以及建造的质量问题导致这场灾难。特别是那个突然掉头的动作，极有可能是遇到突然情况以后整个船体失控造成的。”
“在中国，船舶建造、营运似乎有一套很严密的体系。既有严格的设计，也有严格船检，运营过正中海事局又定期进行检查。但是，这一切都是糊弄人的。地方船检与地方海事是一套人马两块牌子，只要关系做到位，上面的东西都是摆设，前些年有的地方船检是一窝端的。
“中国的船舶质量真有这么差劲？”记者忍不住发问。
“以我服役的海军某部为例，一旦台海发生战事，由于距离太近，福建沿岸的舰船基本会被对方压制压制失去战斗力。我方主要依靠浙江和广东布防的舰船呈扇形远程奔袭参加战斗。这在战略理论上是可行的，但是，实践中是无法实现的。”
“为什么？”
“不为什么，虽然只有两百多海里，但是如果全速行驶，一半以上的舰船要半途抛锚：不是动力、机械故障就是船体出问题喽。——如果真的要跟台湾干起来，即使没有美国的参与，我也真的不敢肯定能打赢这场局部战争。”
“那你们当年是怎样应付每次的训练计划的呢？”
“舰队必须按照远程奔袭的作战计划上报，训练用的油料和淡水是保证供应的。装备完毕以后，舰艇开出一半行程必须就地抛锚——不能再跑了，否则舰船不知哪个部位又要出问题了，要不然就要在海上飘上几天回不了家。”
“那你们怎样应付上级的监督呢？”
“这些涉及到别人就不谈了。全程完成训练的书面材料是可以加工的，唯一要处理的就是油料，否则一半的油料带回去无法自圆其说。”
“把油料放到海里不就完了。”
“想法太简单了，这涉及到地方政府和海上养殖户的污染举报问题，一查起来可就麻烦了。只能在锚点把油料与渔民换鸡啊鸭啊鱼啊什么的，让全舰的官兵痛饮一场，或者干脆把油卖给油贩子······有些小艇载油量少，卖不了几个钱，就让上岸的士兵每人提一塑料桶50升的油到岸上倒卖后吃啊喝啊嫖啊，但是，这样往往要弄出事。部队实际情况就是这样，好几部海军题材的电视剧都是在我们那儿拍的，太理想化了。看到军迷们热血沸腾的样子，我只能暗自遗憾······不说啦，不说啦！”
“好吧。那你认为造成这次长江翻船事件主要的原因是什么？”
“这次翻船的一些原因我上面已经谈过，我认为，最主要的原因还是这种体制。部队和地方都一样，没出事，乱办事；一旦出了事，想尽一切办法糊弄人。我16岁就从东北参军，然后考上军校，一路把我提拔到舰长，按说共产党对我有恩。现在转业到你们地方，当上了部门的领导，很多同志想当然认为我应当把部队的好作风带到地方——实在太理想化了，部队上的腐败你地方上根本没法比！我现在退下来了，来日不多了（编者注：指晚期癌症），这些如果不说出来那真的要误国了。”
