在东方式的朦胧关系中，西藏可以用“架空”方式保持实质上的独立，以表面臣服换取实在利益，一旦被中国纳入明确的主权结构，权力遭剥夺，便失去最大的利益。因此对中国在西藏确立主权，西藏的反应便是彻底摆脱中国。
十三世达赖喇嘛曾把寻找新靠山的希望寄托于俄国。他把俄国当成信奉佛教的国家，从而希望能重现元朝那种结构──西藏人充当精神领袖，一个强大的世俗帝国充当西藏的信徒、施主兼军事上的保护者。十三世达赖喇嘛在1904年逃出拉萨躲避英国人，也许就抱着与俄国人建立联系的愿望，但是当他到达与俄国距离已经很近的库伦时，俄国在对日战争中失败，俄国国内发生1905年革命，举国混乱，他的希望随之破灭。
那一段十三世达赖喇嘛陷入痛苦的彷徨，甚至居住地都成了问题，想回西藏亦受各方阻碍，不能实现。当他被召到北京给慈禧太后祝寿时，也许还对清廷抱有一丝希望。多数史书认为他与中国的最终决裂在于慈禧太后坚持要他下跪。虽然西藏在世俗权力中臣服中国，但达赖喇嘛从来认为自己的宗教地位至高无上。何况从前五世达赖喇嘛到北京时，不但未曾下跪，清帝还出城远迎。然而时过境迁，当年的朝廷为了安蒙古需要笼络西藏，此时的朝廷则需要表现对西藏的主权。达赖喇嘛是西藏世俗权力的最高代表，所以必须下跪。这个争执使十三世达赖喇嘛觐见时间拖后了半个月，最终妥协是达赖喇嘛以单腿跪拜慈禧太后与光绪皇帝。这对从来以神自居的达赖喇嘛，屈辱可想而知。
慈禧太后与光绪皇帝见了十三世达赖喇嘛之后，仅在一个多月内，两人相继死亡。本已千疮百孔的晚清王朝陷入更加风雨飘摇的境地。达赖喇嘛贴近地目睹清王朝的腐朽和没落，肯定会进一步加强他摆脱中国控制的决心。在外流亡五年时间，极大地开阔他的了眼界，磨练了意志，建立了关系，使他从雪山深处的神王变成了一个民族领袖和政治家。赵尔丰、联豫等在康区和西藏实行的新政，被十三世达赖喇嘛视为从根基上毁灭西藏社会，深深地刺激他。慈禧与光绪一死，他立刻就踏上回西藏的归程，并且在途中就开始遥控藏人进行抗争。
1909年，清政府下令四川组织一支2000人的川军，在将军钟颖的率领下向拉萨进发。十三世达赖喇嘛下令西藏军队和民兵以武力阻止。他到达拉萨时，因为愤恨川军进藏，对出城迎接的驻藏大臣联豫视若不见；联豫恼羞成怒，寻衅报复，强说十三世达赖私购俄国军火，带人闯进布达拉宫检查；十三世达赖喇嘛的反措施是下令藏人罢差罢粮，断绝对驻藏大臣衙门的一切粮草和夫马供应，并禁止藏民与汉商贸易；联豫则向北京报告达赖“阴蓄异谋”，请再增兵进藏；在中国军队一路击溃藏军逼近拉萨时，十三世达赖喇嘛曾试图与联豫讲和，联豫却意气用事，不肯妥协；加上临时组建的川军多流氓之辈，军纪极差，进拉萨后即枪伤藏民，侮辱藏官；出于对中国完全失去信任，也出于对已成水火之势又拥有武力优势的驻藏大臣的恐惧，刚刚流亡五年，回拉萨仅数月的十三世达赖喇嘛又一次出逃，再度踏上流亡之路。
十三世达赖喇嘛的这一次出逃颇为奇特。他急奔而去投靠的恰是造成他上一次流亡的敌人──英国。1910年2月21日，达赖逃进英国控制的锡金，随后进入印度。当时他一定要住进英国人的房子、并在英国士兵的保护下才感觉安全 。他做出这种选择，一方面因为刚从北方返回的他知道重返北方不会找到希望；另一方面，虽然英国人曾以大炮轰开了拉萨大门，但是与满清官员的腐败霸道相比，他们的礼貌、守信和慷慨给西藏人留下深刻印象，态度也随之转变。当然，这种选择还反映了十三世达赖喇嘛作为一个政治家的大胆和灵活。
以十三世达赖喇嘛的此次逃亡为起点，西藏上层社会改变了历史上一贯臣服北京的政治路线，开始了以争取西方支持为资源的近代“西藏独立”运动，一直延续到今天。
