自1911年清王朝结束到1949年共产党接管中国，中华民国几乎一直陷于内忧外患。那个时期的西藏因而获得了一个宽松空间，得以维持长达四十年的独立。此前西藏虽可通过“架空”方式得到实质独立，但是身边有颐指气使的驻藏大臣，境内有耀武扬威的清军，总是不免掣肘。而那四十年的独立，除了与国民政府来点虚与委蛇的周旋，一切都是自己说了算。甚至那时的西藏还一度用武力收复了昌都、德格等康区很大领土，把边界大大向东推进。
民国之初的二十年是中国最弱而西藏最强的时期。十三世达赖喇嘛历经政治起伏的考验和两度流亡的的磨练，成为伟大的民族领袖。他对藏军进行大规模扩充改编；引进英国、日本和俄国的训练方法；聘请外国教官；派藏族军官进英式军官学校学习；进口新式武器；发展本土兵器工业；西藏第一次向西方派出留学生；还建立银行，发展矿业、邮政，促进贸易等，推动西藏迈向现代化。
不过，一二百万人的西藏面对几亿人口的中国，无论如何不可能高枕无忧。即使民国全神贯注于内部事务而对西藏无暇以顾时，仅为对付川边地方军阀，西藏负担就十分沉重。1931年藏军与汉军在康区和青海的战争中惨败，丢失大片领土，汉藏边界再次西移。精明的十三世达赖喇嘛及时做出与中国修好的姿态，玩起平衡游戏。但是在他内心深处，巴不得中国一直四分五裂。在那段时间与他接触密切的英国人查尔斯·贝尔回忆，当十三世达赖喇嘛听到日本向中国使用军事手段时，“他的脸上闪耀着愉快的神情”。十三世达赖喇嘛没有活到日本全面侵略中国的一天，否则那一定是值得他庆祝的日子。“七七事变”后日本开始向中国大举进攻。国民政府不得不把收复西藏的打算放在一边，全力抗日。事实上，如果没有日本侵略中国，西藏很可能在民国时期就会重新被中国占领，而不会拖到共产党执政。
1933年年底，57岁的十三世达赖喇嘛逝世。他执政37年，领导了──并在很大程度上实现了──西藏独立的事业。从十三世达赖喇嘛圆寂到十四世达赖喇嘛亲政的18年间，履行摄政职能的西藏政府遵循十三世达赖喇嘛的方针，一方面对中国口头迎合，另一方面坚定地保持西藏独立。
1949年国民党军队在中共军队强大攻势前节节败退，引起西藏上层对共产党可能占领西藏的担忧，同时又被噶厦政府视作辛亥革命以来又一个可利用的时机，提出一个冠冕堂皇却逻辑牵强的理由──汉人中的共产党会把解放军引进西藏，因为共产党皆在秘密状态，隐藏甚深无法辨识，因此保险起见，只有将全部汉人驱离西藏。噶厦随之派兵包围国民政府驻藏各机构，封闭电台，限制汉人活动自由，分批将所有汉人押解至印度驱逐出境。西藏又一次彻底割断了与中国的所有联系。而那时自身难保的国民政府不可能做出实质回应，即使是软弱的口头抗议，也拖了近一个月才发出。
不过，西藏虽然有四十年的独立，但是因为中国人比西藏人更早进入国际社会，接受了西方的主权标准并且学会了处理国际事务，在那四十年中一直不停地向世界宣称西藏属于中国，以各种外交场合的咬文嚼字坚持对西藏的主权。同时西方国家也不能无视作为一个大国的中国，尤其又是二战时期的盟国，于是也承认中国对西藏的宗主国地位，为后来的中国占领西藏奠定了法律基础。而西藏却仍然是东方式思维，既然获得了实际独立，就宁愿把自己封闭在雪山深处，不再理睬外部事务，也不认为有必要在国际上和中国人争论口头的概念。后来的十四世达赖喇嘛这样批评那个时期的西藏：“西藏是完全地忘了要自我建设……整个社会、宗教界、政治圈甚至摄政本身都太无知了。他们根本就不知道外界到底发生些什么事情。他们依旧以为西藏是块神仙地，因此高高在上不会受到人世间各种纠纷的波及，真是盲从瞎信。”
