然而经济发展和生活改善并没有如北京期望的那样获得西藏人心，反而藏人普遍心向的是没有给过他们一分钱的达赖喇嘛。无论什么事，只要是北京与达赖喇嘛对立的，绝大多数藏人肯定支持达赖喇嘛。为什么北京为西藏大笔地花钱，却得不到藏人的心？根本原因之一便是北京与达赖喇嘛的敌对。达赖喇嘛并不是一个单纯的个人，他代表的是维系西藏五百多年的达赖世系和达赖体制。在藏人的转世观念中，与一世达赖为敌，就等于与全部达赖世系为敌，也就成了与整个西藏宗教和西藏民族为敌。
北京发现它对西藏的“拨乱反正”使它陷入了一个怪圈——藏人是一个宗教民族→宗教性质决定信教者对宗教领袖无条件服从→达赖喇嘛是西藏宗教的领袖→同时他又是流亡在外的政治领袖——按照这个怪圈的逻辑，只要给西藏宗教自由，藏民族就必然对达赖喇嘛顶礼膜拜，达赖喇嘛以宗教领袖对藏人的精神影响力就会不断加强。这使北京进退两难。重新禁绝西藏宗教已经没有可能，于是便把矛头对准了达赖喇嘛。从上世纪九十年代中的“第三次西藏工作座谈会”后，治藏路线转为强硬，达赖喇嘛被宣布为敌人。当年主管民族工作的中共政治局常委李瑞环这样定性：“达赖是图谋西藏独立的分裂主义政治集团的总头子，是国际反华势力的忠实工具，是在西藏制造社会动乱的总根源，是阻挠藏传佛教建立正常秩序的最大障碍。”
西藏当局下令收缴和销毁达赖像，引起了广泛的反抗。当局随即开展对寺庙的“清理整顿”。由党政官员和公安人员组成的工作组进驻寺庙，僧侣被要求人人过关，接受审查；众多不被当局信任的僧侣被赶出寺庙，遣送回乡，还有一些关进监狱；留下的僧侣则必须公开表态反对达赖喇嘛；制定了限制寺庙活动的规章，如禁止自行修建寺庙，限定寺庙僧人“编制”，禁止寺庙之间串联，在寺庙以外不许宣传宗教等，甚至活佛转世都要在“党的领导下”进行；寺庙自主名存实亡，政府官员被安插进寺庙管理机构，任何决定都得通过他们。
西藏所有的中共党员、干部和国家职工都被明文要求不许信仰宗教，除了严禁挂达赖像，还不允许设经堂佛龛，不许请僧侣念经，不许做佛事，不许挂宗教性标志，违反者要被开除党籍、开除公职，退休者扣发退休金，学生则不予升学——对此的说法是：吃党的饭就得听党的话。尽管砸饭碗的威胁可以暂时吓住一些藏人，但是饭碗不是人心，人心却可能因为威吓离得更远。
走马观花的旅游者看不到这些。形式上的宗教活动似乎都在正常进行，然而西藏宗教的命脉——被称为“三宝”的佛、法、僧都受到遏制和摧残。除了前面讲的“整顿寺庙”，西藏宗教界最担忧的是当局对讲经弘法的封杀。宗教失去哲学思想的传播，百姓的信仰只能停留在形式与迷信层面，无法了解宗教真谛，由此必将造成宗教衰微，还有奢靡之风的兴起与社会风气的败坏。同时，宗教界内部的理论研习与传承也无法正常进行，宗教仪轨或被取消或被限制规模。不满的宗教人士表示，只让老百姓点灯磕头的宗教自由，表面上香火旺盛的寺院形同展览馆，还不如没有。
西藏现在表面是稳定的，人们甚至不再表达异议，然而却是更加说明人心的背离。邓小平说过这样的至理名言——最可怕的是人民群众的鸦雀无声。如果人表达不满，说明他们认为能通过讲理解决问题，当人什么都不再表达时，则是认为已经无处讲理，唯一能被听懂的只剩暴力。
